Первые ямабуси жили закрытыми общинами, соблюдали строгий аскетизм, каждый сезон, то есть четыре раза в год уходили в горы и эта практика называлась «нюбу». Отсюда и произошло их название — «горные воины». На самых вершинах гор сооружались пагоды, где помещалась статуя боддисатвы Кокудзо. В лунные ночи перед этой статуей ямабуси совершали полный обряд: декламировали наизусть отрывки из сутр, толковали сложные места из своей доктрины. Считалось, что все это приближает ямабуси к обретению высшего знания — праджни.
Центром подвижничества ямабуси первоначально были горы Оминэ (именно там сегодня стоит памятник великому ямабуси Эн-но Гёдзя), а с ХVII в. они перемещаются на гору Хокусан, где их скиты стали множиться с каждым годом.
В чем же заключалось учение ямабуси? Последователи Сюгэндо считали, что существует высшее «природное знание» (сидзэнти). Оно равносильно «истинному Закону», то есть учению Будды. Постичь его можно лишь путем отшельнической практики высоко в горах и молитвами в лунные ночи, когда истина непосредственно и интуитивно входит в сознание ямабуси.
Ямабуси совершали длительные путешествия по горам в полном одиночестве, закаливая свой дух. Это были высочайшие мистики, многие из которых действительно благодаря аскезе и подвижничеству достигали чудесного откровения. Среди ямабуси существовало поверье, что благодаря таким долгим и порой весьма тяжелым путешествиям они могут обрести необычайную магическую силу. Путешествия сочетались с жесткой аскетической практикой, многодневными постами, пением молитв, рецитацией (монотонным и многократным повторением) священных формул, дыхательными и медитативными упражнениями, которые составляли суть их магической практики. Аскеза, что практиковали ямабуси, доходила порой до крайностей, например, на долгое время они могли отказаться от приема воды, хотя при этом питались разными фруктами. В результате этого мужественного подвижничества ямабуси достигали «состояния Будды» или «обретали природу Будды» еще при своей жизни, не уходя из этого мира в нирвану. Предварительно во время медитаций они проходили десять стадий «видения Будды» или десять этапов своего существования, пока, в конце концов, не достигали перерождение в «истинном виде».
Многие верили — а возможно так и было в действительности- что ямабуси обладают удивительной способностью изгнания злых духов из человека или из его дома. Такая практика, называемая экзорсизмом, заставляла говорить об этих людях как о существах полуземных, полу небесных. Никто в сущности не знал, какой природой, доброй или злой, они обладают, но так или иначе ямабуси заставляли трепетать многих обывателей.
