Особая актуальность этих проблем для диалектологических исследований заключается в том, что внешне одинаковые явления в одних ЧДС относятся к фонетической, а в других к морфологической системе (или к единицам разного ранга в пределах одной из этих систем). Подобные же отношения могут возникнуть и на разных этапах изменения одной и той же диалектной системы. Распутывание таких, подчас очень сложных, отношений является предметом многих работ МДШ [Аванесов 1974б, Орлова 1950, Бромлей 1977]. Эта проблема решается представителями МДШ с опорой на московскую фонологическую теорию, так как только в рамках этой теории разработаны фонологические единицы, позволяющие снять в описании фонемного состава морфов все те модификации, которые определяются позиционным чередованием звуков.
При определении фонемного состава безударных окончаний (если безударная гласная находится в слабой позиции) может возникнуть затруднение, так как здесь не всегда возможна проверка сильной позицией, даже когда соответствующее ударное окончание имеется. Такая проверка в языке флективного типа, каким является русский, правомерна только в пределах одного и того же словоизменительного типа, а слова с ударными и безударными окончаниями, одинаковые во всех других отношениях, могут принадлежать и к разным словоизменительным типам (например, пирога́ми и овра́гими; сухо́й и ти́хий; гудя́т и хо́дют). Иначе говоря, при определении фонемной принадлежности безударной гласной в составе аффикса следует иметь в виду, что ударность и безударность являются для многих говоров «разными морфологическими позициями» [Бромлей 1973, 162]. Отсюда поиски специальных приемов для определения состава безударных окончаний в спорных случаях [Булатова 1984].
Окончания, в которых имеются фонемы в слабой позиции, привлекают внимание московских диалектологов и тем, что эти окончания наиболее подвержены действию различных морфологических тенденций, вызывающих изменения их фонемного состава [Булатова 1981].
Специфическое для МФШ понятие гиперфонемы (т. е. фонемы в слабом положении, для которой отсутствует сильное положение в пределах того же морфа) оказалось очень плодотворным для диалектологии, как описательной, так и исторической. Будучи представителем всех нейтрализованных в данной позиции фонем, гиперфонема должна бывает «определиться», когда происходят исторические изменения, затрагивающие одну из нейтрализованных в этой позиции фонем. При этом результат может быть разный: совпадение с судьбой той фонемы, к которой она принадлежала этимологически, или отпадение ее от этой фонемы
