Таким образом, научно-исследовательский аппарат вооруженных сил Третьего рейха был крупной научной организацией. Однако этот аппарат был не единым, а опять-таки расколотым на части, разбросанным по отдельным видам вооруженных сил. Доктор инженерных наук, профессор Берлинской высшей технической школы, генерал артиллерии Карл Беккер, понимавший революционную роль науки и техники в современной войне, выступал с концепцией единого руководства научно-исследовательской деятельностью и работой по усовершенствованию военной техники и оружия, настаивал на том, чтобы общее руководство ими осуществлял генеральный штаб. Однако этому противились как командования армии, ВВС и ВМС, так и руководство промышленностью.
Попытка координировать научные исследования в целом в вооруженных силах Третьего рейха была сделана в феврале 1938 года, когда было создано Верховное командование вермахта на базе преобразования военного министерства. Тогда в состав его общего управления вошел отдел науки. Его начальник подчинялся начальнику управления общих дел и отвечал за централизованное ведение всех научных и исследовательских вопросов, касающихся вооруженных сил, и за поддержание связи видами вооруженных сил с научно-исследовательскими учреждениями вне вооруженных сил. Отдел науки обязан был обеспечить в случае мобилизации привлечение преподавателей высших учебных заведений и ученых к исследовательским работам в интересах вооруженных сил в контакте с соответствующими гражданскими властями. Он заботился о централизованном решении научно-исследовательских задач и полезном обмене научным опытом в пределах видов вооруженных сил, поддерживать связь с исследовательскими центрами государства и отдельных земель, чтобы всегда быть в курсе ведущихся научных разработок и в случае необходимости оказывать влияние на направленность этих разработок в интересах вооруженных сил. Отдел науки должен также сообщать видам вооруженных сил результаты научных исследований, ведущихся за границей. Однако существенного влияния на координацию исследований отдел науки верховного командования вермахта не оказывал. Ведущая роль оставалась за управлениями вооружений видов вооруженных сил. Они были весьма влиятельными учреждениями и могли решать самостоятельно многие вопросы, связанные с научными проектами, задействовать в их решении все секторы науки Третьего рейха. Это видно на примере сотрудничества немецких ученых в «урановом проекте».
