"Если бы я сейчас начинал свою деятельность в Берлине, это была бы новая область, математическая физика. [...] К настоящему времени я совершенно незнаком со многими обширными и значительными разделами математической физики. Когда я прибыл в Берлин, в пылу энтузиазма мне показалось, что восполнить недостаток соответствующих знаний мне будет гораздо легче, чем это есть на самом деле. (...) Кроме того, моя совесть не позволяет мне начинать работу со столь высокой должности без полноценного опыта в сфере, которую мне вверяют".
Было рассмотрено много мнений, почему он не принял кафедру в Берлине. Некоторые историки утверждают, что отказ был вызван тем, как плохо подходила личности Больцмана чересчур формальная манера общения немцев, что одной фразой выразила супруга Гельмгольца: "Уважаемый профессор, боюсь, вам будет некомфортно здесь, в Берлине".
Также были предположения, что решающим фактором была неуверенность Больцмана. В периоды своей депрессии он мог начать сомневаться во всем, даже в своих способностях в науке. Перед лекциями у него обычно были приступы сценического страха, несмотря на безупречную преподавательскую репутацию. Гипотеза неуверенности объясняет, почему спустя некоторое время после отказа от должности в Берлине в письме он сообщил Гельмгольцу, что изменил свое решение и считает возможным занять кафедру. Однако реакция немца была такой же холодной, как и его общение; позже Больцман объяснял, что не получил эту должность из-за отсутствия энтузиазма со стороны Гельмгольца. В одной из своих "Популярных заметок" он сетовал на этот счет:
"Некоторые коллеги полагали, что не стоило отказываться от берлинского предложения. И, конечно же, дело не в специализации. Каждый [...] может обрести вес и значимость благодаря своей пылкости и открытиям... Маленький механизм, который исправно трудится и на своем месте, способен совершать огромную работу".
В 1889 году его сын Людвиг Хуго умер от аппендицита. Горе способствовало развитию депрессии, к тому же Больцман винил себя в том, что недооценил опасность. В том же году не стало его сестры Хедвиг, которая жила с ними; всего лишь за пять лет он потерял трех членов семьи.
Из-за своих маневров в 1888 году он лишился поддержки в университете, где многие преподаватели расценили его действия как предательство. Атмосфера стала напряженной, и Больцман решил сменить обстановку. Он сообщил коллегам с других факультетов, что собирается покинуть Грац, и в итоге оставил этот австрийский город ради Мюнхена, заняв кафедру, о которой всегда мечтал, кафедру теоретической физики. На приеме, устроенном в его честь, в своей прощальной речи Больцман отметил, какое значение имела для него теория.
