Перед своим бегством из столицы Комонфорт успел освободить Хуареса и арестованных вместе с ним депутатов Конгресса. Хуарес в соответствии с конституцией объявил себя президентом и начал решительную борьбу с мятежниками. Его поддержали несколько штатов на севере и юге страны. Началось формирование новой армии, так как регулярные вооруженные силы поддерживали Сулоагу.>23> Сторонники Хуареса (они называли себя конституционалистами) контролировали большую часть территории. И главное - порт Веракрус с его таможенными поступлениями. Однако с деньгами у правительства Сулоаги затруднений не было, так как его щедро субсидировала церковь.
По оценкам английских и американских дипломатов, за конституционалистами шло 70-80% населения. Тем не менее первые бои с регулярной армией закончились для конституционалистов тяжелыми поражениями. Новой армии требовалось время, чтобы приобрести навыки настоящей войны. Хуарес с трудом координировал действия многочисленных партизанских отрядов, которые очень медленно преобразовывались в более крупные соединения.
На беду сторонников конституции, у Сулоаги был очень талантливый генерал Мирамон, который, в конце концов, оттеснил отряды Хуареса от столицы на малообжитой север. Правительство конституционалистов через США морем прибыло в Веракрус. В феврале 1859 года Мирамон осадил этот город, но на выручку Хуаресу пришли отряды толкового и смелого до отчаяния генерала Дегольядо, неожиданно ударившие прямо на столицу. Мирамон, вынужденный снять осаду, вернулся в Мехико. Дегольядо был разбит.
Гражданская война отличалась невиданным в истории Мексики ожесточением. Консерваторы расстреливали пленных, что для того времени было вещью неслыханной. Хуарес отвечал радикальными декретами, которые ясно показывали, что компромисс между противоборствующими сторонами невозможен. 12 июля 1859 года он провозгласил манифест о «социальной реформе в Мексике», за что консерваторы немедленно окрестили его коммунистом. Если «закон Лердо» лишь предлагал церкви продать принадлежащую ей недвижимость, то манифест Хуареса провозгласил безвозмездную национализацию. Это соответствовало логике военного времени: было абсолютно ясно, что именно церковь финансирует врагов конституции. По церкви наносился и еще более сильный экономический удар: все граждане освобождались от обязательных церковных обрядов (свадьбы, похороны и т.д.), за которые церковь взимала деньги. Регистрация актов гражданского состояния перешла в руки государства. Все мужские и женские монастыри закрывались.
