С развитием флота мощностей адмиралтейства в Йокосуке стало недостаточно, поэтому правительство приняло решение о строительстве сухих доков, эллингов, механических и судостроительных мастерских в портах Куре (во внутреннем Японском море) и Сасебо (на о. Кюсю в заливе Омура, около Нагасаки).
Работы в Куре начались в 1886 г., и к середине 1898 г. там имелись два сухих дока (133,2 и 141,7 м), обширные мастерские и орудийный завод, изготовлявший 120-, 150-мм и малокалиберные орудия. Если в Куре к октябрю 1898 г. уже спустили первый крейсер (авизо) „Мияко“, то в Сасебо эллингов для кораблей ещё не было, по уже имелся сухой док длиной 132,9 м, открытый в декабре 1895 г.
В 1888 г. на японскую службу пригласили французского инженера Беллара (Bellar), который на правительственном Оногамском заводе около Кобе стал наблюдать за постройкой миноносок и сборкой тех, что были изготовлены в Европе и в разобранном виде доставлены в Японию. Верфь в Опогаме просуществовала с 1885 по 1895 гг. и успела построить три канонерские лодки: однотипные „Акаги“ („Akagi“) и „Майя“ („Мауа“), по 614 т, „Ошима“ („Oshima“, 1889 т), шлюп (винтовой корвет) „Ямато“ („Yamato“, 1476 т) и учебные корветы Канджей» («Kanji»), «Маиджей» («Manji»), по 877 т. К 1898 г. предприятия верфи переместились частью в Куре, а частью в Сасебо.
К июлю 1889 г. военно-морская комиссия, участвовавшая в работе над планом обороны страны, подготовила свои предложения. Последовало распоряжение императора, разделившее Японию на 5 морских округов (Йокосука, Куре, Сасебо, Майдзуру, Морорап), каждый из которых должен иметь адмиралтейство и порт с приписанными кораблями. Правда,, поначалу лишь три первых из них имели оборудование, позволявшее обеспечивать корабельную службу, и весь флот был временно разделён между ними.
Создание военно-морской базы в Майдзуру началось в 1897 г, а её адмиралтейство, оснащаемое мощными судостроительными средствами, оборудовалось в удобной бухте Амарубе. Планировалось соорудить три сухих дока.
Порту Майдзуру в конце XIX века придавалось большое стратегическое значение, как расположенному на берегу Японского моря, достаточно близко от Владивостока. На строительство его береговых батарей выделялись значительные суммы с той целью, чтобы ко времени завершения судостроительной программы 1895 г. (к 1902 г.) Майдзуру оказался готов принять предназначенные для него корабли.
Порт Морорап на о. Хоккайдо, первоначально планировавшийся для организации одной из баз флота, позднее развиваться не стал. Вместо него правительство предполагало использовать бухту Омииато (Ominato) в северной части залива Аомори. В 1889 г. началась интенсивная постройка батареи для обороны Токийского залива. Позднее начались работы для защиты проливов Симопосеки, Изуми и Нарут, ведущих во внутреннее Японское море. Стали возводиться укрепления на о. Цусима и при входе в порт Йокосука.
