У него не было отдельной кельи. Наместник Лавры показал ему в коридоре место с условием, если отец Алипий к утру за одну ночь сделает себе келью в этом коридоре, то келья будет его. Отец Алипий ответил: «Благословите». И за одну ночь он сделал перегородки, отгороженную келью внутри обил лучинкой, оштукатурил, побелил, устроил пол, покрасил его. А утром наместник Лавры был чрезвычайно удивлен, когда пришел к отцу Алипию и увидел его в новой келье за столом с горячим самоваром.
Вскоре он был удостоен священнического сана, а в 1959 году назначен наместником Псково-Печерского монастыря. Алипий стоял на этом ответственном посту с 1959 по 1975 год.
На плечи его легла тяжелейшая задача: не только восстановить святыни и древности знаменитого Псково-Печерской обители. Но другая задача была еще сложнее — защитить монастырь от закрытия его властями.
Советское время вообще было временем жесточайшего ограничения всех свобод, в том числе и свободы вероисповедания. Сотни тысяч людей, в том числе тысячи священников, монахов и архиереев были казнены властью только за веру и верность Богу. Тысячи храмов были разрушены, остальные закрыты: даже в крупных городах власть старалась оставить открытым только по одному православному храму.
Война заставила власти ослабить давление на Церковь, открыть часть храмов. Но Хрущев начал новый виток борьбы с Церковью. Он обещал показать последнего попа по телевизору. То есть предвкушал нынешние времена, когда телевизор заменит людям Бога, и надеялся дожить до них.
Вот заголовки центральных и местных изданий того времени: «Псково-Печерский монастырь — очаг религиозного мракобесия», «Аллилуйя вприсядку», «Нахлебники в рясах», «Лицемеры в рясах». Противостоять клевете было очень трудно, ещё труднее было сохранить монастырь. В рапортах на имя митрополита Псковского и Великолукского Иоанна архимандрит Алипий подчёркивал: «Газетные статьи, переполненные незаслуженными оскорблениями и клеветой в адрес честных, добрых и хороших людей, оскорблениями матерей и вдов погибших воинов, — вот их «идеологическая борьба» — изгнание сотен и тысяч священников и клириков, причём самых хороших. Сколько их приходит к нам со слезами, что нигде не могут устроиться хотя бы на мирскую работу, у них жёны и дети не имеют на что жить».
Что мог один монах противопоставить аппарату подавления всесильной власти? У него было только одно оружие. Но самое сильное оружие — слово!
Смелость его слов поражает даже при взгляде из нашего либерального времени. Как же поражающе это смелое и твердое слово звучало тогда! Когда ему говорили: «Батюшка, Вас ведь могут посадить…», — он отвечал: «Меня не посадят, я сам их посажу. Никакой вины на мне нет». Еще во время войны он усвоил, что лучшая защита — наступление.
