Дряхлеющая цинская династия переживала один кризис за другим. Крупные неурядицы, связанные, в частности, с Тайпинским восстанием, некоторые вожди которого испытывали определенные симпатии к христианству, расшатывали цинский режим изнутри. Военные поражения Пекина в ходе так называемых «опиумных войн» с западными державами подрывали многовековую «великую стену» изоляционизма извне. Цинские власти были вынуждены пойти на серьезные уступки. В Пекине открывались дипломатические представительства разных государств, а миссионеры получили широкую свободу действий на территории Китая. Россия не участвовала в войнах против Китая и как пограничное с ним государство была заинтересована в его стабильности, однако вслед за другими державами решила установить с Пекином полноценные дипломатические отношения. Это позволило провести разграничение сфер деятельности духовной и дипломатической миссий России в Китае. Первая, перестав выполнять дипломатические функции, была подчинена Святейшему Синоду, а вторая, естественно, оказалась в ведении Министерства иностранных дел.
При очень скромном бюджете и малочисленном штате глава 15–й миссии смог сохранить лучшие традиции научного изучения Китая. Сам он написал немало трудов по истории и культуре религий Китая и составил лучший для того времени «Китайско-русский словарь». Новым и главным направлением его деятельности стала подготовка к более активной проповеди Православия среди местного населения. Лучших своих сотрудников архимандрит Палладий нацелил на перевод Священного Писания, богослужебных текстов и богословских сочинений на китайский язык. Также были сделаны первые шаги для подготовки священнослужителей из местного населения. Именно отец Палладий обратил внимание на способного китайского мальчика по имени Цзи Чунь и целенаправленно начал заниматься его подготовкой. А когда он, серьезно заболев, по совету врачей собрался ехать в Россию, то поручил своему преемнику архимандриту Флавиану завершить подготовку юноши к принятию сана священника. К сожалению, архимандриту Палладию не довелось дожить до этого важного события в истории Православия в Китае. Не смог он и благополучно вернуться в родное Отечество. В декабре 1878 года священнослужитель скончался от разрыва сердца в Марселе, куда он прибыл из Китая морским путем, и был похоронен в Ницце.
Первый китайский православный священник — отец Митрофан (Цзи Чунь) — был рукоположен в 1882 году. Он немало лет прослужил в миссии, пока из-за проблем со здоровьем не ушел в заштат и стал получать скромную пенсию. А впереди его ждала мученическая кончина. Трагедия случилась в 1900 году, когда на значительной части территории Китая бушевало так называемое «боксерское» восстание. К этому времени 18–я духовная миссия, которую возглавил архимандрит Иннокентий (Фигуровский), заметно активизировала проповедь Православия в Срединной империи, не ограничиваясь только Пекином. Это было связано с серьезным укреплением позиций России на северо-востоке Китая. Весной 1896 года между Россией и Китаем был заключен секретный так называемый Московский договор — оборонительный союз России и Китая против становящейся все более агрессивной Японии. Статья 4–я договора гласила: «Чтобы облегчить доступ русским сухопутным войскам в угрожаемые пункты и для обеспечения их съестными припасами, китайское правительство соглашается на сооружение железнодорожной линии через китайские провинции Амурскую (то есть провинцию Хэйлунцзян. — Авт.) и Гиринскую (Цзилинь. — Авт.) в направлении на Владивосток».
