Православная жизнь в Китае начала возрождаться в этот период. Однако движение шло слишком медленно и очень противоречиво. Впервые за долгие десятилетия православная община в Харбине, состоявшая из китайцев, в 1986 году получила разрешение собираться на соборную молитву в Свято-Покровском храме. Хотя верующим и было позволено отмечать религиозные праздники согласно православной традиции, тем не менее конфликты православных с местными властями происходили нередко.
А официальный статус Китайской Автономной Православной Церкви до сих пор не определен, и Церковь лишена возможности во всей полноте жить литургической жизнью.
С 90–х годов прошлого века начали активизироваться контакты Русской Православной Церкви как с официальными властями КНР, так и с представителями Православия в Китае. В 1993 году состоялся визит в Китай делегации Русской Православной Церкви во главе с тогдашним митрополитом Смоленским и Калининградским Кириллом, председателем Отдела внешних церковных связей Московского Патриархата. Он побывал и в Харбинской епархии. С ответным визитом Москву посетила китайская делегация во главе с настоятелем прихода в Харбине иереем Георгием Чжу. После смерти отца Георгия в 2000 году Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II попросил у китайских властей разрешение прислать преемника на место усопшего священнослужителя, но положительного ответа Его Святейшество так и не получил.
В январе 1994 года вступило в силу «Положение о регулировании религиозной деятельности иностранных граждан на территории КНР», теоретически позволяющее иностранным священнослужителям совершать богослужения по приглашению китайских религиозных организаций и при согласии Управления по делам религии при Госсовете КНР. Проблема пастырства в православных общинах в Китае уже тогда стала настолько критической, что местные власти Синьцзян-Уйгурского автономного района КНР, например, неофициально разрешили с 2002 года архиепископу Астанайскому и Алма-Атинскому Мефодию (Немцову) осуществлять пастырскую деятельность в местных общинах. Однако опыт получился не очень удачным. Так, в декабре 2003 года в Синьцзяне был арестован отец Иларион (Иванов) — русский православный священник из Казахстана. За что? За то, что он раздавал религиозную литературу и совершал богослужения в Кульдже (где есть церковь и проживает, как считается, около двух тысяч православных христиан) и в Тачэне (там храма нет). Интересно, что церковь во имя святителя Николая Чудотворца в Кульдже, разрушенная во время «культурной революции», была восстановлена в 1992 году за государственный счет. Однако на все, что происходит в этом храме, и даже на то, чтобы звонили колокола, необходимо каждый раз получать санкцию властей.
