Когда многотысячные отряды повстанцев стали приближаться к Пекину, то китайские власти, заверив членов миссии, что им нечего опасаться, выделили для охраны территории Северного подворья десять стражников, вооруженных копьями. Но по настоянию российского дипломатического посланника М. Н. Гирса все русские члены духовной миссии покинули Северное подворье и перебрались в так называемый Посольский квартал, взяв с собой только самое ценное из церковной утвари и главную реликвию миссии — икону святителя Николая Мирликийского из албазинской церкви. Она была принесена в Пекин еще в 1685 году пленными казаками. Вечером 1 июня 1900 года ихэтуани дотла сожгли Северное подворье. Также в Пекине было разгромлено русское кладбище, «причем памятники были разрушены, могилы разрыты, и кости почивших выброшены из могил», — говорится в документах.
Основная резня произошла в ночь с 10 на 11 июня (по новому стилю с 23 на 24 июня) в церкви при миссии, где в то время находился отец Митрофан, подбадривавший и утешавший верующих людей. Среди современных православных китайцев известна следующая версия событий. Некоторые убеждали пастыря идти в российское посольство, чтобы спастись, но он отказался. А когда ворвавшиеся в церковь громилы схватили отца Митрофана и потребовали от него отказаться от веры в Христа, то священник ответил им: «Мой Бог Иисус Христос — Бог не только русских, но и китайцев, и всех людей мира». Пытаясь устрашить пастыря, головорезы убили его матушку и детей прямо у него на глазах. «Теперь ты видишь, что ваш Бог Иисус Христос не спас их», — сказали они. Отец Митрофан в ответ произнес: «Нет, Он спас их. Я встречу их в Царствии Небесном». — «Где это Царствие Небесное?» — «Я вижу его. Вы не можете видеть его, потому что вы не крещены во имя Отца и Сына и Святого Духа. Если вы уверуете в Иисуса Христа, Он откроет ваши глаза и покажет вам Царство Небесное». После этих слов пастыря убийцы выкололи ему глаза и сказали: «Теперь что ты видишь?» — «Теперь я вижу Царство Небесное лучше, не плотскими глазами, а моей душой и сердцем». Тогда они убили его и разрубили тело мученика на мелкие части. Страшную смерть приняли и остальные христиане: всего 222 человека, в том числе женщины и дети.
* * *
Мученический подвиг православных китайцев не забыт. В апреле 1997 года Священный Синод Русской Православной Церкви постановил «восстановить исполнение Указа Синода о почитании в лике местночтимых святых мучеников священномученика Митрофана и 221 православных мирян, с ним в Китае пострадавших. Днем их памяти определить 24 июня».
