Покомандовать 2-й стрелковой бригадой Юденичу в мирной обстановке почти не пришлось: сказалось незалеченное пулевое ранение в шею, полученное в Мукденском сражении. Военномедицинская комиссия настояла на стационарном лечении и спорить с ее доводами Николаю Николаевичу не приходилось.
Пребывание в госпитале затянулось: ранение, полученное в самом конце войны, оказалось тяжелым и трудно залечиваемым. Из госпиталя генерал-майора Н.Н. Юденича выписали только к исходу 1906 года и сразу отправили в отпуск. Ему не пришлось напоминать о себе в кадрах Военного министерства: выпускники Николаевской академии Генерального штаба, имеющие к тому же опыт войны, находились там на особом учете.
В России начиналась послевоенная реформа армии и флота, которую, к сожалению, завершить полностью до начала Первой мировой войны не удалось. В отставку были отправлены многие тысячи офицеров, особенно старшего звена, и генералов, которые не отвечали требованиям новой эпохи и потому ничем не смогли проявить себя во время Японской войны. Таким, как Юденичу, герою Янсынтуня и Мукдена, открывалась хорошая перспектива в продолжении армейской карьеры.
После госпиталя Николаю Николаевичу не пришлось долго «ходить за штатом». Уже 10 февраля 1907 года он получил назначение на должность генерал-квартирмейстера Кавказского во 102 енного округа. На этой должности он пробыл недолго, получив повое назначение — начальником штаба внутреннего (а значит — птороразрядного) Казанского военного округа. Семья Юденичей переезжает на новое местожительство в Казань.
Такое повышение бывшего командира стрелковой бригады, которым Н.Н. Юденич пробыл всего несколько месяцев, свидетельствовало о том, что армейская карьера складывалась вполне удачно. Можно сказать, что на строевых должностях он рос довольно быстро, особенно после Маньчжурии.
Казанский военный округ, по сравнению с пограничными Ііиленским, Варшавским, Киевским и Кавказским (не говоря о двух столичных — Петроградском и Московском), имел армейских войск совсем немного. Здесь было расквартировано всего два корпуса — 16-й и 24-й с их артиллерий, 5-я кавалерийская дивизия, два мортирных артиллерийских дивизиона, два саперных батальона, тылы. Но дел и забот, если к ним подходить серьезно, генерал-квартирмейстеру все же хватало. Округ являлся одним из самых крупных на территории России по своим мобилизационным возможностям.
Служба в Казанском военном округе шла спокойно, без каких-то потрясений. Свой 50-летний юбилей Николай Николаевич отметил в кругу друзей и сослуживцев. 16 декабря 1912 года был подписан высочайший императорский указ: о производстве Н.Н. Юденича в генерал-лейтенанты.
