На базе 2-го Белорусского фронта, остановившегося на территории Польши, была, по решению Ставки ВГК, создана Северная группа войск, которую возглавил Рокоссовский. Едунов остался начальником контрразведки. Но если маршал пребывал в своей родной Польше до конца 1949 года, то генерал возвратился в Москву после упразднения ГУКР «Смерш» и возглавил 1-е управление (оно занималось Сухопутными войсками) вновь созданного 3-го Главного управления МГБ СССР, то есть военной контрразведки. Затем, с 1947 года, он служил во 2-м Главном управлении МГБ, в должностях начальника отдела и заместителя начальника Главка. И, очевидно, работал успешно, потому как пик его карьеры был впереди.
Министр госбезопасности Абакумов укреплял аппарат МГБ, подбирая для этого хорошо известных ему людей — в основном руководителей органов «Смерш» в годы войны. Так, на должность своего заместителя по милиции он предложил назначить генерал-лейтенанта Николая Андриановича Королёва[198] — в прошлом начальника контрразведки 2-го Украинского фронта, а на тот момент руководившего 3-м Главным управлением МГБ СССР. Во главе же военной контрразведки было предложено поставить Якова Афанасьевича.
Абакумов писал Сталину:
«Тов. Едунов имеет большой опыт чекистской работы, хороший организатор, умело руководит подчинённым аппаратом. В период Отечественной войны всё время находился на фронте, работая на руководящих должностях в военной контрразведке. После окончания Отечественной войны работал начальником Управления контрразведки Северной группы войск, а затем начальником Управления в 3-м Главном Управлении МГБ СССР»[199].
3 января 1951 года генерал-лейтенант Едунов вступил в должность, а 12 июля был арестован генерал-полковник Абакумов. Однако, в отличие от других соратников опального министра, тут же отрешённых от должностей и арестованных, Яков Афанасьевич руководил 3-м Главным управлением МГБ до 19 февраля следующего 1952 года, а через полгода, 19 июля, возглавил Управление контрразведки МГБ по Белорусскому военному округу. Понижение, но в тех условиях ему можно было только радоваться. Ведь тот же генерал-лейтенант Королёв был арестован в 1951 году, находился под стражей аккурат до нового 1954 года, а затем был уволен из органов и лишён генеральского звания.
Тайных причин, обусловивших столь милостивое решение по Едунову (тогда многое в судьбах этих людей определялось не их реальной виной или отсутствием таковой, но «высшими обстоятельствами»), мы не знаем и гадать не будем. Он спокойно — или не очень спокойно, опять-таки не знаем, — пережил несколько «перестроек» своего ведомства и 3 октября 1956 года был уволен с должности начальника Особого отдела КГБ при СМ СССР по Белорусскому военному округу — «по возрасту».
