Родители Карла Юнга были людьми куда менее известными. Отец будущего психолога Пауль Ахиллес Юнг изучал восточные языки в Гёттингене и даже подготовил диссертацию по арабскому переводу «Песни песней царя Соломона» — одной из книг Ветхого Завета. Но, как позднее писал его сын Карл, «дни славы отца закончились вместе с последним экзаменом, после которого он забыл свой лингвистический талант». Пауль Юнг сначала стал сельским пастором, а в 1879 году был переведен в Кляйн-Хюнинген, предместье Базеля, где получил назначение в храм при психиатрической больнице.
Характер и образ жизни отца не стали примером для Карла, который считал его деятельность на религиозном поприще бездарным времяпрепровождением, а между тем Пауль Юнг имел склонность к научному познанию мира — более совершенному, с точки зрения сына, пути к истине. Тем не менее тот факт, что Карл родился в семье священника, оказал важнейшее влияние на его духовный поиск и интерес к религии. Другое дело, что ответы, которые давал отец и христианское учение в целом, не устраивали мальчика. Вполне вероятно, что в отношениях отца и сына произошло нечто, о чем мы не знаем, но что было расценено маленьким Карлом как травмирующее событие. Иначе невозможно объяснить то настойчивое, невротическое желание следовать в своей жизни наперекор всему, что делал его отец и во что он верил.
Женой Пауля Юнга стала Эмилия Прейсверк, которую Карл считал хорошей матерью, нежной, общительной, умевшей выслушать собеседника. Находясь под влиянием своего отца, она всю жизнь верила в наличие у нее вещих снов и вела дневник, в который записывала все случаи ясновидения.
Как справедливо отмечал историк медицины Генри Элленбергер, «такой семейный фон, возможно, позволяет лучше понять некоторые стороны юнговского мышления и причины его расхождения с Фрейдом. Фрейд был любимым первенцем у красивой молодой матери, тогда как в памяти Юнга оставался образ матери, отнюдь не отличавшейся красотой и двойственной в своих проявлениях. Идея, что всякий маленький мальчик ощущает себя любовником своей матери и ревнует ее к отцу, казалась ему нелепостью. При этом Юнг делал упор не столько на враждебность сына по отношению к отцу, сколько на бессознательную идентификацию с ним и с предками с отцовской стороны. Без сомнения, Юнг меньше отождествлял себя с отцом, нежели с блестящим, романтичным и удачливым дедом. Когда Юнгу приходилось опровергать слухи о том, что последний являлся незаконным сыном Гёте, он обычно улыбался»
