СНК РСФСР 12 июня 1921 года утвердил членом Коллегии ВЧК и начальником Спецотдела Глеба Ивановича Бокию. С этого времени и до ликвидации Коллегии в июле 1934 года после образования НКВД он был членом коллегии ВЧК-ГПУ-ОГПУ. По совместительству с работой на Лубянке он одновременно входил в коллегии НКВД РСФСР (до его ликвидации в 1930 году), цензурного ведомства Главлита и Верховного суда СССР.
Начальника Спецотдела сложно назвать дилетантом в сфере организации и руководства различными подразделениями органов госбезопасности. Он возглавлял Петроградскую ЧК, руководил Особыми отделами Восточного и Туркестанского фронтов. Причем в Средней Азии ему довелось заниматься советским строительством. И к началу 1921 года в полной мере проявились его организаторские способности, а так же обостренное чувство справедливости и принципиальность. Единственный недостаток — будущий руководитель криптографической службы никогда не занимался вопросами шифрования, да и от радиоразведки был далек.
К декабрю 1922 года Спецотдел состоял из трех отделений[61], которые возглавляли Николай Яковлевич Клименков, Григорий Карлович Крамфус и Владимир Дмитриевич Цибизов. К середине двадцатых годов прошлого века число отделений увеличилось до семи.
1-е отделение — «наблюдение за всеми государственными учреждениями, партийными и общественными организациями по сохранению государственной тайны»;
2-е отделение — теоретическая разработка вопросов криптографии, выработка шифров и кодов для ВЧК-ОГПУ и всех других учреждений страны. В нем работало семь человек;
3-е отделение — «ведения шифрработы и руководства этой работой в ВЧК». Так же оно занималось вопросами организации шифропереписки с зарубежными советскими учреждениями. Первоначально в этом отделение трудилось три сотрудника;
4-е отделение — «открытие иностранных и антисоветских шифров и кодов и дешифровка документов». Его штат был чуть больше — восемь человек;
5-е отделение — «перехват шифровок иностранных государств; радиоконтроль и выявление нелегальных и шпионских радиоустановок; подготовка радиоразведчиков»;
6-е отделение (лаборатория) — «изготовление конспиративных документов»;
7-е отделение — «химическое исследование документов и веществ, разработка рецептов; экспертиза почерков, фотографирование документов».
Постепенно отдел расширялся, ставились новые задачи, создавались научно-исследовательские лабораторий различного профиля, привлекались к сотрудничеству выдающиеся, известные ученые. Появился филиал в Ленинграде при местных органах государственной безопасности, (подчиненный Центру).
