Жесткие споры Хрущева с Пономаренко не затихали и в военные годы. Как правило, Сталин принимал сторону Пономаренко. Так, на одном из совещаний в Кремле Хрущев выступил с инициативой создания крупных семитысячных партизанских бригад. Пономаренко же утверждал, что отряды должны быть небольшими по численности и поэтому более мобильными и маневренными. Многотысячные, базирующиеся во вражеском тылу соединения должны были снабжаться за счет и без того разоренного оккупантами населения. Рано или поздно ситуация, когда обирали бы и «свои» — партизаны, и «чужие» — оккупанты, вызвала бы взрыв людского негодования, направленного не только против немцев, но и против партизан. Понимая это, Сталин предложение Хрущева отверг.
Однажды, выслушав доводы разгоряченных очередным спором Никиты Сергеевича и Пантелеймона Кондратьевича, вождь с усмешкой заключил: «Вот если бы к энергии Хрущева да голову Пономаренко!» Легко представить, какие чувства при этом испытывал болезненно самолюбивый Хрущев…
Конечно, сюжеты взаимоотношений высокопоставленных деятелей принадлежали к особо хранимым тайнам «кремлевского двора». Сталин жестко пресекал любые обсуждения высшей кадровой политики за стенами своего кабинета. Видимо, поэтому у многих партийных чиновников, работавших в сталинские годы, на всю жизнь осталась маниакальная боязнь оказаться услышанными, а точнее подслушанными в самое неподходящее время.
По каким-то одному ему ведомым причинам Сталин потворствовал усилению неприязни Хрущева к Пономаренко. Иначе чем объяснить, к примеру, вызов Пономаренко в сталинский кабинет в тот момент, когда перед вождем на коленях стоял Никита Сергеевич. Об этом эпизоде, относящемся к 1943 году, Пантелеймон Кондратьевич поведал спустя много лет своему помощнику В. М. Николаеву. По версии Пономаренко, Хрущев умолял Сталина сохранить жизнь сыну Леониду, военному летчику, перешедшему на сторону врага, а затем захваченному партизанами, но получил отказ. Вспомним, что вождь не пощадил и собственного сына Якова, который одно время находился в фашистском концлагере на территории Белоруссии. Разрабатывался даже план освобождения Якова силами тринадцатой партизанской бригады, но Сталин об этом и слышать не хотел.
По свидетельству Николаева, Пономаренко и сам был не всегда безупречно вежлив по отношению к Хрущеву. «В годы войны, как известно, Пантелеймон Кондратьевич возглавлял Центральный штаб партизанского движения, — вспоминает Николаев, — а Хрущев был членом штаба. Как-то раз он заставил ждать Никиту Сергеевича в приемной своего кабинета почти два часа… Таких вещей злопамятный Никита никому не прощал».
