В ночь на 13 июля 1826 года на территории кронверка крепости были повешены пять руководителей восстания - П. И. Пестель, С. И. Муравьев-Апостол. М. П. Бестужев-Рюмин, К. Ф. Рылеев, П. Г. Каховский. Тела казненных были тайно отвезены на остров Голодай и там захоронены. В 1926 году в память об этих отважных людях остров Голодай был назван островом Декабристов и на предполагаемом месте захоронения революционеров установлен обелиск с именами казненных.
В статье «Памяти Герцена» В. И. Ленин писал: «Узок круг этих революционеров. Страшно далеки они от народа. Но их дело не пропало. Декабристы разбудили Герцена. Герцен развернул революционную агитацию.
Ее подхватили, расширили, укрепили, закалили революционеры-разночинцы, начиная с Чернышевского и кончая героями «Народной воли» 1. [1 В. И. Ленин. Поли. собр. соч., т. 21, стр. 261,]
Все передовое, революционное заточалось царским правительством в тюрьмы. В апреле 1849 года были арестованы и заключены в крепость многие члены кружка Петрашевского - кружка прогрессивно настроенной дворянской и разночинной молодежи.
В 60-е годы XIX века в тюремные камеры Петропавловской крепости были заточены революционные демократы, народники.
14 октября 1861 года за написание прокламации «К молодому поколению» в крепость бросили поэта М. Л. Михайлова. В ноябре того же года был арестован и заключен в крепость В. А. Обручев - сотрудник журнала «Современник», во главе которого стояли Н. Г. Чернышевский и Н. А. Добролюбов. Этот журнал был главным рупором демократического движения б России тех лет.
Осенью 1861 года в крепости в заключении оказались революционно настроенные студенты Петербургского университета и других высших учебных заведений столицы. Их было больше 350 человек. На другой день после заключения студентов на воротах Петропавловской крепости появилась выведенная мелом надпись «Здесь временно помещается Санкт-Петербургский университет».
2 июля 1862 года был арестован и брошен в крепость публицист и литературный критик Д. И. Писарев. А спустя несколько дней - 7 июля - в крепость был заключен великий революционер-демократ, философ и публицист Н. Г. Чернышевский.
Писарева арестовали за его статью, обнаруженную в одной из тайных типографий Петербурга. В ней он выступил против публичных поношений А. И. Герцена со стороны платного агента царского правительства Шедо-Ферроти (барона Фиркса) и с обличением реакционных действий правительства, направленных против революционной демократии.
