В апреле 1943 года в Катынь прибыла международная комиссия. В эту так называемую комиссию вошли сателлиты Германии и представители оккупированных Германией стран. Как и следовало ожидать, комиссия приняла сторону Берлина и вновь подтвердила, что польские офицеры были расстреляны весной 1940 года советскими чекистами.
Дальнейшие следственные действия немецкой стороны, однако, были прекращены, поскольку в сентябре 1943 года Красная Армия освободила Смоленск, и практически сразу же после освобождения Смоленщины советское руководство приняло решение о необходимости проведения собственного расследования с целью разоблачения гитлеровской клеветы о причастности Советского Союза к массовым убийствам польских офицеров.
Уже в октябре 1943 года была создана специальная комиссия НКВД и НКГБ под руководством народного комиссара государственной безопасности Всеволода Меркулова и заместителя народного комиссара внутренних дел Сергея Круглова. Советская комиссия подошла к делу обстоятельно, включая организацию допросов свидетелей. Были опрошены 95 человек, в результате которых выяснились многие важные подробности.
Еще до начала Великой Отечественной войны к западу от Смоленска были размещены три лагеря для польских военнопленных. В них содержались взятые в плен на территории Польши офицеры и генералы Войска Польского, жандармы, полицейские, чиновники. Большая часть военнопленных использовалась на дорожных работах различной степени тяжести. Когда началась война, эвакуировать польских военнопленных из лагерей советские власти не успели. Так польские офицеры оказались теперь уже в германском плену, причем немцы продолжали использовать труд военнопленных на дорожных и строительных работах.
В августе-сентябре 1941 года немецкое командование приняло решение расстрелять всех польских военнопленных, содержащихся в смоленских лагерях. Непосредственно расстрел польских офицеров осуществлял штаб 537-го строительного батальона. Штаб этого батальона размещался в деревне Козьи Горы. Весной 1943 года, когда уже готовилась провокация против Советского Союза, гитлеровцы согнали советских военнопленных на раскопки могил и, после раскопок, изъяли из могил все документы, датированные временем позже весны 1940 года. Так были искусственно созданы предпосылки для легализации даты предполагаемой казни польских военнопленных. Советских военнопленных, проводивших раскопки, немцы расстреляли, а местных жителей заставили дать выгодные для немецкого командования показания, что они и выполнили под дулами немецких автоматов.
