Проблемой русского духовного образования в конце XVIII в. была исторически сложившаяся зависимость от западных школьных традиций. Западные богословские системы и формы не были в должной степени адаптированы к условиям и запросам русской церковной жизни, давали неожиданные результаты, не получавшие своевременной и компетентной корректировки. Формальное направление образования выражалось и в составе предметов, и в преподаваемых богословских системах, и в методах обучения – рассудочные построения, диалектика и риторический схематизм. Латинский язык, сохраняемый в русских академиях и семинариях в качестве языка преподавания, открывал учащимся доступ к западному богословию и другим наукам, но создавал две проблемы: разрыв духовной учености с церковным приходским служением и отсутствие русского богословского понятийного аппарата и русской богословской литературы. Духовно-учебный процесс был слабо оснащен: не было удовлетворительных учебных пособий, богословские источники были мало доступны.
Особой проблемой русского богословия было его отношение к прочим наукам: российская Академия наук не имела богословия в своем составе и не предпринимала попыток установить научные контакты с духовными школами. Это возлагало ответственность за развитие научного богословия исключительно на духовные школы и ставило перед ними задачу подготовки кадров для научной деятельности.
В течение XVIII в. определилась сословная замкнутость духовных школ, имевшая три следствия: состав учащихся ограничивался духовным сословием, повышение уровня общего образования духовенства приходилось осуществлять расширением учебных планов и внутренними силами духовных школ. Таким образом, высшие классы духовных школ, по крайней мере, наиболее развитых, должны были составить педагогический институт духовного ведомства.
К началу XIX в. стало ясно, что существенные сдвиги в образовании духовенства и развитие русского богословия возможны лишь при условии централизации духовно-учебной системы, а для ее создания требовалась радикальная реформа.
Эта радикальная реформа была проведена в эпоху Александра I. Общим направлением она соответствовала реформе светского образования, проведенной в 1802–1804 гг.: строгая централизация, объединение школ в учебные округа, выделение в учебной системе последовательных и соподчиненных ступеней. Начало духовно-учебной реформы было положено указом императора от 29 ноября 1807 года о создании особого
