Очевидно, что получение познаний и развитие мышления семинариста Дроздова происходило в последнюю очередь благодаря родной школе, но в первую очередь – благодаря советам и наставлениям отца. Иерей Михаил приучал старшего сына к книжной премудрости, поощрял любовь к чтению, развивал в нем философское мышление. Пытливый юноша самостоятельно штудировал книги по философии из отцовской библиотеки.
В эти годы отец благословил Василия петь на клиросе в Троицком храме, читал он там и Апостол. Небольшого роста, тихий и скромный юноша выработал тогда наблюдательность и умение анализировать поведение людей. Он начинает интересоваться также жизнью страны и Европы, всего большого и незнакомого мира.
В 1798 году Святейший Синод утвердил новый устав духовных школ. В нем детально определялась структура учебного плана, вводились краткая история Церкви, герменевтика, систематическая догматика и апологетика; предписывалось чтение Библии с разъяснением трудных мест, предлагалось ввести в обязательном порядке написание диссертаций для заканчивающих философский класс и произнесение публичных проповедей для учащихся в богословском классе, а также проведение в духовных академиях дважды в год публичных диспутов на философские и богословские темы. Словом, русские духовные школы поднимались на более высокий уровень. Василий Дроздов не успел вкусить и крох от этих нововведений. «В Коломенской семинарии учился я до класса философского, – вспоминал он сам позднее, – наставником по этому классу был такой человек, которого скудость мог постигнуть и ученик даровитый».
В 1799 году Коломенская епархия была упразднена. Коломенский епископ Мефодий (Смирнов) был переведен в Тулу, туда же перевели и семинарию. Однако ученикам Коломенской семинарии было разрешено завершить свое образование в московских духовных школах.
В те годы в Москве имелась Славяно-греко-латинская академия, располагавшаяся на Никольской улице вблизи Кремля; семинарии же были в Свято-Троицкой Сергиевой Лавре и в Николо-Перервинском монастыре. Василию захотелось учиться в Москве, большой город манил его своими необъятными возможностями. Имелась и надежда на помощь родных: брат деда Никиты Афанасьевича протоиерей Александр служил в Успенском соборе Московского Кремля. Решение оставалось за отцом будущего святителя иереем Михаилом. Он же рассудил, что для надежного благоустроения первенца лучше определить его под защиту преподобного Сергия. Правда, в Сергиевом Посаде у Дроздовых не имелось ни родных, ни знакомых, так что возможны были сложности и трудности в устроении быта юноши: казеннокоштные семинаристы содержались дурно, им приходилось выполнять разные работы. Отец обещал Василию, что поможет ему прожить на свой кошт.
