Более того, он утверждал, что гнев Божий обрушился на русский народ именно за прекращение перевода Библии, и в качестве примера приводил наводнение в Петербурге в 1824 году, внезапную смерть Александра I в 1825 году, холеру 1830 года и страшный пожар в Зимнем дворце в 1837 году.
11 апреля 1841 года состоялось определение Святейшего Синода: архимандрит Макарий преступает пределы своего звания и противоречит высшей власти, обоснования предпринятого им труда неосновательны, погрешительны и нелепы, но, взирая со снисхождением на его дерзновенный и нелепый поступок, Святейший Синод оставляет его на миссионерском служении с назначением молитвенной епитимии с поклонами по силе и усмотрению преосвященного епископа Томского. По возвращении отца Макария заставили в наказание каждый день служить литургию в продолжение шести недель, что он принял за милость Божию и был очень доволен такою епитимией. Дела перевода он, конечно, не оставил.
В ноябре 1841 года он отчего-то направил на имя Московского генерал-губернатора князя Д.В. Голицына рукопись извлечений из книг Ветхого и Нового Завета, предназначенных для новообращенных, с просьбой оказать содействие в публикации. Князь Голицын знал порядки и потому отослал рукопись обер-прокурору графу Н.А. Протасову. 13 ноября 1842 года на заседании Синода обсуждалась уже отрецензированная рукопись отца Макария. Решение по поводу неугомонного алтайского миссионера, столь же упрямого, как и его идейный наставник, было подготовлено графом Протасовым и послушно принято синодалами. Святейший Синод постановил: вновь подтвердить архимандриту Макарию через преосвященного Томского, что «если он и впредь будет преступать долг смирения перед церковной властью с произвольным объяснением Священного Писания и по таковым совершенно духовным предметам обращаться мимо духовного начальства к посторонним властям, то за сие подвергнется неминуемо законному взысканию». На следующий год Синод перевел отца Макария с Алтая в Орловскую епархию, назначив его настоятелем третьеклассного Волховского Оптина монастыря.
Негативное отношение к святителю Филарету в то время преобладало не только в Святейшем Синоде. Епископ Рижский Филарет (Гумилевский) писал 17 октября 1844 года профессору Московской духовной академии А. В. Горскому: «Правда ли, что владыка решился издать слова свои? “Москвитянин” [журнал, издаваемый М.П. Погодиным] возбудил ожидания, и меня спрашивают даже немцы. Они глубоко уважают его. А русские? Бросают в него грязью. Будет время, когда сильно будут каяться, но – без пользы для Церкви».
