Через год исследований Фуюцуки приехал узнать, как продвигаются успехи его ученика, но застал лишь звуки сирен и суматоху: всё уже пошло вразнос, и до взрыва оставались часы. Группа Кацураги предпринимала отчаянные попытки прервать зарождавшуюся катастрофу, а Гендо тем временем собрал всю документацию, самые ценные образцы и в частном порядке покинул базу, забрав жену и учителя с собой. После Удара в море они подобрали спасательную капсулу с раненой Мисато Кацураги и привезли её в Японию. На фоне разгорающейся катастрофы и начинающейся мировой войны Фуюцуки мобилизовался в армию, а Гендо под покровительством Тринадцати и по их приказу принялся организовывать научно-исследовательский институт GEHIRN. Перспективы, открывшиеся перед бывшим изгоем, вскружили голову: реальная, научно-обоснованная возможность стать Богом мало кого оставит равнодушным. Правда, для этого нужно было всего лишь уничтожить человечество, проведя особым образом ритуал слияния Адама, найденного в Антарктиде, и Лилит, которую обнаружили под японским городком Хаконэ.
Юй тем временем забеременела и полностью отошла от науки, занявшись сыном и фактически бросив Икари Гендо на произвол судьбы. Это было последней каплей, сломавшей в нём остатки человечности и привело его к тому, что мы имеем сейчас. Властолюбивый, но добрый и отзывчивый Гендо Рокобунги умер, став холодным и недосягаемым Командующим, которого мы все знали. Через год война закончилась, и Фуюцуки демобилизовался из армии. Осознав весь ужас действий своего бывшего ученика, он пригрозил, что разоблачит его деятельность в СМИ. Тогда Козо был народным героем, отличившемся на фронте и разработавшим несколько протоколов лечения, спасших немало жизней в операционной. Полковник периодически выступал на крупных телеканалах и планировал открыть частную клинику, но не смог сдержать любопытство, а потому принял приглашение к сотрудничеству, когда увидел масштабы работы и встретился со своей бывшей ученицей.
Через несколько лет Институт GEHIRN процветал, защищенный от изменчивых ветров послевоенной политики мощнейшим лобби на самом верху властной пирамиды, а щедрый дождь инвестиций не давал пересохнуть денежному ручью, питавшему крайне дорогостоящие исследования. Но информация о негуманных экспериментах и опытах над людьми изредка просачивалась в прессу. Несколько крупных скандалов, связанных с исчезновениями и смертями сотрудников пошатнули авторитет и репутацию организации: множество молодых и амбициозных специалистов уволилось, чтобы не рисковать собой, работы застопорились, а смерть Наоко Акаги стала той соломинкой, которая сломала хребет верблюду. Через два месяца Институт исследования эволюции GEHIRN расформировали, а на его основе по приказу Тринадцати Душ и под патронажем ООН организовали NERV: полувоенную организацию, провозгласившую себя главным защитником человечества.
