В июне 1928 г. Е. А. Фортунатов был снят с работы за финансовые нарушения и отозван в распоряжение ИНО ОГПУ. 25 июня он уехал в Москву, где был зачислен в резерв ИНО. Дела и кассу он сдал «Федору», который исполнял обязанности до приезда из центрального аппарата ИНО нового руководителя сектора – «Петрова» (предположительно Юрия Игнатьевича (Ежи Францишека) Маковского, бывшего резидента ИНО ОГПУ в Шанхае, отозванного в 1928 г. Москву для работы в центральном аппарате ОГПУ). В сентябре 1928 г. уже после отъезда Фортунатова в Москву с инспекторской проверкой деятельности Дальневосточного сектора ИНО прибыл помощник начальника ИНО ОГПУ С. Г. Вележев, бывший до этого главным резидентом ИНО в Китае и отозванный оттуда для работы в центральном аппарате ОГПУ. С ним прибыл уполномоченный по финансовой части ИНО ОГПУ Иван Алексеевич Ключаров. Вележев лично подверг проверке обширную деятельность сотрудников аппарата, а Ключаров финансовую отчетность, и выявил недочеты в последней, особенно в части использования валютных средств. По распоряжению Трилиссера результат финансовой проверки был оставлен для Фортунатова без последствий…
Из выявленных архивных документов стало известно и о некоторых других спецоперациях Дальневосточного сектора ИНО ОГПУ.
Фортунатов во главе сектора занимался не только технической работой, но руководил и оперативной. В частности, через сектор поступала значимая информация о деятельности Японии с позиции Маньчжурии в отношении Монгольской Народной Республики, которая направлялась в Москву. Из Москвы шли указания о необходимости корректировки планов японцев, используя возможности секретного сотрудника. И Фортунатов их пытался максимально реализовать. Также перехватывались японские шифры. Был добыт план мобилизационной подготовки Японии в Маньчжурии на случай войны с США.
Кроме того, в феврале 1927 г. Евгению Алексеевичу было поручено руководство операцией по ликвидации атамана Григория Михайловича Семенова. Центр персонально давал указания по конкретным планам ее осуществления. В ноябре 1926 г. эту операцию по предложению начальника ИНО ОГПУ Трилиссера начал готовить в Китае сотрудник резидентуры внешней разведки в Пекине Иван Трофимович Иванов-Перекрест (оперативный псевдоним «Трей»). Он был в курсе контактов Семенова с полпредством СССР в Пекине. В 1924–1925 гг. атаман неоднократно приезжал на переговоры по золоту и взаимному сотрудничеству с советской властью в полпредство СССР, где его сопровождал личный «слуга» – капитан японской жандармерии. Семенов пытался установить контакт с советскими властями относительно украденного им золота и получить от них преференции. «Иванов-Перекрест был в курсе ситуации, и планировал использовать это в своих интересах». Планировалось, что ликвидация Г. М. Семенова будет осуществлена путем отравления его цианистым калием. Все это должно было произойти на квартире полковника Анатолия Калачева, хорошо знавшего атамана. Калачев был ранее завербован Ивановым-Перекрестом, выступавшим под видом агента японской разведки. Калачев сообщал ему обо всех шагах атамана. В последний момент Фортунатов получил указание из Москвы операцию прекратить.
