Между тем администрация Кеннеди продолжила реализацию мер по упорядочиванию дел в разведке, предложенных комиссией по расследованию провала с вторжением на Кубу в апреле 1961 года. Одной из этих мер, принятых президентом по результатам расследования, было создание Консультативного совета президента по внешней разведке. В 1963 году председателем этого органа было назначено доверенное лицо президента — один из «архитекторов» «Закона о национальной безопасности» 1947 года К. Клиффорд — будущий министр обороны США. Во главе Комитета 5412 СНБ президент поставил генерала М. Тейлора, который отклонил первоначальное предложение Дж. Кеннеди возглавить ЦРУ.
Тейлор, руководствуясь инструкциями президента, провел через СНБ директивные меморандумы № 55 и 57, в соответствии с которыми так называемые полувоенные операции передавались от ЦРУ министерству обороны США, фактически военной разведке. Далее уточнялось, что даже если такого рода акции разрабатывались в ЦРУ, за их выполнение отныне несли ответственность военные. Однако американские исследователи подчеркивают, что такое решение СНБ скорее отражало внутриведомственное соперничество внутри Разведывательного сообщества страны, поскольку изначально было очевидно, что приоритеты не только в подготовке такого типа акций, но и в их осуществлении могут принадлежать только ЦРУ. Поэтому, подчеркивает в своих мемуарах один из руководителей управления в 70-е годы У. Колби, «рекомендации Тейлора для ЦРУ оставались в целом на бумаге» [12, р. 174].
Между тем кадровые перестановки в ЦРУ продолжались. Вместо Биссела, бывшего правой рукой опального Даллеса, на пост начальника ведущего в управлении Директората планирования был поставлен кадровый разведчик Р. Хелмс, считавшийся специалистом по сбору и анализу информации. Этим назначением президент подчеркивал смену приоритетов в работе ЦРУ: переход от планирования и осуществления полувоенных акций к работе с информацией и ее доведением до высших эшелонов власти в Вашингтоне. Однако, как подчеркивают исследователи истории спецслужб, если у Кеннеди и его окружения и существовали иллюзии относительно возможности взятия под контроль ЦРУ, то они оказались напрасны.
Именно при новом руководстве ЦРУ в бытность президентом страны Кеннеди было инициировано немыслимое при его предшественниках масштабное вмешательство во внутренние дела стран Юго-Восточной Азии, способствовавшее военной эскалации в данном регионе, и прежде всего во Вьетнаме. Осенью 1963 года был спланирован переворот в столице Южного Вьетнама, в результате которого погибли вышедшие из-под контроля Вашингтона президент страны Нго Динь Дьем и его брат и активизировались военные действия против южновьетнамских повстанцев. Примечательно, что это было сделано вопреки рекомендациям военной разведки, которая в своих аналитических докладных уже тогда предсказывала неизбежность ввода значительного контингента войск США в этот регион с негативными для страны последствиями. Президент США Кеннеди, переживший южновьетнамского диктатора всего на три недели, якобы также сомневался в «пользе смены руководства в Сайгоне» и выражал опасения относительно грядущего усиления напряженности в регионе в целом [5, с. 124]. Однако процесс эскалации напряженности, инициированный ЦРУ, уже было невозможно остановить.
