Противоречия между гражданской и военной разведками не могли не всплыть наружу. Для содействия нормализации внутриведомственных отношений решением президента Эйзенхауэра урегулирование конфликтной проблематики переносилось из повестки заседаний СНБ в ЦРУ. Параллельно в 1955 году скорее для видимости прозрачности принимаемых решений двумя директивами № 5412/1 и № 5412/2 было принято решение о формировании специального комитета при СНБ по разведке (Комитет 5412, или Группа 54/12) с включением в него представителей президента, государственного секретаря, директора ЦРУ и министра обороны, отвечающего за военную разведку. Тем самым Белый дом по рекомендации А. Даллеса пытался задобрить военных, претендовавших на более активное участие в обеспечении принимаемых политических решений. Однако военные время от времени демонстрировали свое несогласие с теми или иными акциями ЦРУ. Так, например, когда в 1954 году А. Даллес решил поддержать своего ставленника на пост руководителя западногерманской спецслужбы, завербованного еще в годы войны высокопоставленного сотрудника гитлеровской разведки генерала Р. Гелена, начальник разведки сухопутных войск США генерал-лейтенант А. Трюдо выступил резко против, указав на то, что Гелен в прошлом был активным нацистом. Американского генерала поддержали министр обороны США Ч. Уилсон и Комитет начальников штабов. Но авторитет Даллеса был настолько высок, что дело закончилось снятием со своего поста генерала Трюдо и назначением Гелена на искомую должность.
Деятельность ЦРУ наряду с работой других органов исполнительной власти постоянно являлась объектом расследования различных комиссий. В составе так называемой большой комиссии, работавшей в 1955 году и возглавлявшейся бывшим президентом США Г. Гувером, во главе оперативной группы по изучению деятельности разведки был поставлен генерал М. Кларк. Одной из рекомендаций комиссии было положение о необходимости усиления контроля над ЦРУ путем создания постоянной объединенной комиссии Конгресса по разведке. В ответ президент Д. Эйзенхауэр, формально отвергнувший эту рекомендацию, создал в 1956 году Совет по разведывательной деятельности (СРД), включив в него в том числе и военных. Однако совет, хотя в целом и находился под контролем президентской администрации, время от времени высказывал негативное мнение в отношении того, что ЦРУ «не всегда следует рекомендациям Государственного департамента, затрудняя таким образом внешнеполитическую деятельность руководства страны» [5, с. 90]. С другой стороны, указывает известный американский историк спецслужб А. Шлезингер, ЦРУ в период своего становления почти всегда находило союзника в лице Пентагона и подчиняющейся ему военной разведки [18, рр. 443, 458]. Руководимое Даллесом ЦРУ, подчеркивает другой американский исследователь Г. Розитцке, на протяжении всех 50-х годов брало на себя ответственность за проведение полувоенных подрывных акций, тем самым выручая военных, не желавших привлекать к себе излишнего внимания [17, р. 155].
