В операции по освобождению Филиппин американцам пришлось столкнуться с той же самой в принципиальном отношении проблемой, что и в Италии, а затем во Франции. Весьма мощное партизанское движение на островах во многих случаях подчинялось руководству, ориентировавшемуся на коммунистическую идеологию и состоявшему из членов местной коммунистической партии, которая в качестве одного из положений своей программы провозгласила «отказ от проявлений американского империализма и колониализма» и, после освобождения от японцев, «строительство социалистического государства». В этой связи перед американской военной контрразведкой стояла задача по дискредитации повстанцев-коммунистов с одновременным использованием их авторитета среди населения в организации борьбы с мощной группировкой японских войск, разбросанных по многочисленным островам.
Ряд существенных побед американских ВМС и морской пехоты позволил к весне 1945 года существенно сузить сферу деятельности в значительной степени ослабленных японских вооруженных сил. Сброс в начале августа 1945 года двух ядерных бомб на Хиросиму и Нагасаки, приведший к значительным разрушениям инфраструктуры и сотням тысяч погибших и раненых среди мирного населения, продемонстрировал японским вооруженным силам и гражданам страны бесполезность дальнейшего сопротивления. Вступление в этом же месяце в войну с Японией Советского Союза и быстрый разгром японской экспедиционной Квантунской армии на территории континентального Китая ускорили военный разгром этой страны и вынудили ее руководство объявить о безоговорочной капитуляции.
К октябрю 1945 года американское командование установило полный контроль над важнейшими стратегическими пунктами Японии. Вся территория страны была поделена на оккупационные зоны, в каждой из которых назначалась своя администрация с обязательным присутствием в ней представителей американской военной контрразведки. 2 октября того же года генерал Макартур, назначенный на пост верховного командующего оккупационными войсками в Японии и осуществляющий всю полноту власти в этой стране, издал директиву о включении в свой штаб дополнительных отделов, в обязанности которых в том числе входило осуществление «демилитаризации повседневной жизни в Японии» [2, с. 370]. К данной работе практически во всех областях ее реализации были привлечены военные контрразведчики, которые, не церемонясь, относительно быстро расставили на ключевые посты в местных и региональных органах власти проамерикански настроенных японских граждан. Процесс разоружения и демилитаризации был осуществлен американцами достаточно умело, в результате чего фактически не отмечалось случаев крупных диверсий и саботажа в отношении оккупационных войск, а значительные финансовые вливания в разрушенную войной экономику Японии преподносились американской пропагандой в качестве «беспрецедентного дара победителя побежденному» и в конце концов довершили «уничтожение последних проявлений национализма и милитаризма в японском менталитете».
