Открывшееся зрелище вполне соответствовало тому, что сообщил Джорджо. Не могло быть и речи о корыстных мотивах преступления — все вещи убитого остались при нем: кошелек с пятьюдесятью дукатами и усыпанный драгоценными камнями кинжал висели у пояса. Руки герцога были связаны. Убийцы потрудились на совесть: на теле Джованни оказалось девять колотых ран, горло перерезано.
Его доставили в лодке к приземистой мрачной башне замка св. Ангела и там, омыв ил и песок, обрядили в доспехи главнокомандующего — знаменосца церкви. Уже ночью, при свете факелов, двинулась в путь траурная колесница, на которой под бархатным плащом покоилось тело герцога Гандийского. Отпевание состоялось в церкви Санта-Мария дель Пополо, и еще до рассвета останки злодейски убитого Джованни Борджа были преданы земле.
Папа, казалось, потерял рассудок от горя. Когда озаренная факелами повозка пересекала мост Ангела, он «рыдал, как женщина, даже не пытаясь сдержать слезы». Сразу после похорон Александр затворился в своих покоях. С ним был старый кардинал Сеговийский, но прошло трое суток, прежде чем ему удалось уговорить папу хоть немного поесть и поспать.
На четвертый день желание отомстить за сына заставило Александра прервать затворничество. Он приказал усилить заставы на всех выездах из города и найти убийц, чего бы это ни стоило. Два месяца продолжался повальный розыск, но соединенные усилия сыщиков, стражников и придворных остались безрезультатными.
Так описана смерть герцога Гандийского в хронике Сануто — единственном подробном и достоверном источнике, повествующем о событиях тех дней.
Кто же направил руку убийцы или убийц? Первое подозрение пало на Джованни Сфорца, у которого имелись основания мстить папе. Но он как будто не покидал Пезаро, и не было никаких свидетельств его причастности к ночному злодеянию. Поговаривали и о кардинале Асканио Сфорца — все знали, что между ним и покойным герцогом не так давно разгорелась вражда. Ее причиной стала казнь одного из приближенных вице-канцлера — он имел неосторожность чем-то оскорбить Джованни Борджа, был за это схвачен и отдан палачу. Слухи об Асканио держались довольно долго, и его многочисленные враги старательно обращали на них внимание папы. Дошло до того, что перепуганный вице-канцлер бежал из Рима и укрепился в своем замке в Гротта-Феррата. Он отказывался вернуться в Вечный город, пока Александр не заявил, что уверен в его невиновности.
Не остался без внимания и младший брат герцога Жофре — оказалось, и у него был серьезный счет к покойному. Дело касалось любвеобильной Санчи. Неаполитанская красавица охотно уступала всем сколько-нибудь настойчивым домогательствам, и в числе ее любовников молва называла имя Джованни. Слух о братоубийстве на почве ревности возникал снова и снова, и в конце концов Александру пришлось прибегнуть к официальной процедуре — особым постановлением консистории Жофре Борджа, принц Скуиллаче, был объявлен вне подозрений.
