Как Годунов не спешил с венчанием Федора, церемонию пришлось отложить ради шестинедельного моления об усопшем государе. По истечении этого срока именитые мужи, съехавшиеся в Москву изо всех городов, от имени всей земли подали Федору челобитную и просили быть царем. Федор дал согласие. Венчание состоялось 31 мая.
На рассвете этого дня над Москвой разразилась ужасная буря. Ветер срывал крыши домов, по небу растекались белые струи молний, раскаты грома гремели, не умолкая, как будто по небесной тверди из конца в конец катался какой-то огромный, грохочущий шар; проливной дождь в считанные минуты затопил улицы. Народ воспринял непогоду, как предзнаменование грядущих бедствий, и даже когда буря утихла, боялся покидать свои дома. Но ближе к полудню небо прояснилось, и по звону колоколов бесчисленные толпы отовсюду начали стекаться к Кремлю. Было так тесно, что стрельцы едва смогли расчистить путь для духовника Федора, который вышел из царских палат, чтобы перенести в Успенский собор Мономахову святыню: животворящий крест, венец и бармы. Годунов, величественно вышагивавший за духовником со скипетром в вытянутых руках, был великолепен в своем вышитом золотом одеянии, сиявшем алмазами, яхонтами и жемчугом необыкновенных размеров. Это был и его день.
Но вот на дворцовом крыльце появился Федор, окруженный боярами, князьями, воеводами, архиереями, дьяками. Огромное людское море мгновенно затихло, с благоговением разглядывая государя. На Федоре было платье небесно-голубого цвета; одежды сопровождавших его вельмож были золотые, с красными и серебряными оттенками. В полной тишине царь нетвердой походкой прошел в переполненный собор. Во время молебна окольничие и епископы ходили по храму и тихо приказывали народу благоговеть и молиться. Затем митрополит Дионисий приступил к обряду венчания. Возложив на Федора Мономахов крест, венец и бармы, он взял его за руку, поставил на особое, царское место и вручил длинный скипетр из китового зуба. Архидиакон на амвоне, священники в алтаре и хор на клиросе торжественно и звучно провозгласили царю многие лета.
Федор выглядел немного испуганным, растерянно улыбался. К концу краткой напутственной речи митрополита Дионисия он выглядел уже настолько утомленным, что его поспешили усадить на трон, поставленный на амвоне. Во время литургии Федор смотрел бессмысленным взглядом на короны завоеванных Москвой царств, по обычаю лежавшие у подножия трона, и то и дело поворачивался к стоявшим у него за спиной Годунову и Никите Романовичу, словно вопрошая их, когда его наконец оставят в покое.
