Венчание на царство состоялось 1 сентября. В церкви Борис громко сказал патриарху поразившие всех слова: «Бог свидетель, отче, в моем царстве не будет нищих и бедных». Затем, дернув ворот рубашки, он добавил: «И эту последнюю разделю со всеми!»
И действительно, царствование Бориса открылось невиданными щедротами и милостями. Крестьяне были освобождены на один год от уплаты податей, а инородцы – от ясачного платежа; купцы получили право беспошлинной торговли сроком на два года, служилым людям выдали разом годовое жалованье. Закрылись кабаки, где народ пропивался до исподнего, сидевшие в тюрьмах вышли на свободу, опальные получили прощение, казни прекратились совсем, вдовы, сироты и нищие получили вспоможение. Царь строил новые города – Цивильск, Уржум, Царево – Кокшайск, Саратов, Царицын, укреплял старые, украшал Москву, «как невесту», по выражению патриарха Иова. Даже недоброжелатели Бориса отмечали, что он «всем любезен бысть» и что в первые два года его царствования Россия цвела всеми благами.
И вдруг все изменилось. В 1600 году возобновились опалы. Особое ожесточение Борис проявил по отношению к Бельскому и семье Романовых. Бельского привезли в Москву и били кнутом; кроме того, Борис приказал своим немецким докторам выщипать ему бороду. Четырех братьев Романовых обвинили в стремлении «достать царство» и отравить Бориса. Старшего, Федора Никитича, постригли в монахи под именем Филарета; его жену вместе с детьми, среди которых находился малолетний Михаил – будущий основатель династии, сослали в Пермскую волость. Прочих братьев рассеяли по отдаленным городам. Ссылка постигла и дьяка Василия Щелкалова (его брат Андрей был удален от дел еще в 1593 году). Царицу Марфу, вдову Грозного, которой в последние годы царствования Федора было разрешено жить в Москве, отослали в дальний монастырь, верст за 600 от столицы. Впрочем приставам, назначенным следить за ссыльными, было приказано заботиться о безопасности поднадзорных и их безбедном содержании, но в то же время строжайше предписывалось следить, чтобы они не общались ни с одной живой душой и ни с кем не переписывались, словно Борис стремился пресечь тайные сношения бояр с кем-то. Тогда же Годунов распорядился сделать перепись монахов по монастырям.
На этом царь не успокоился. Шпионство и доносы приобрели необыкновенный размах, сопровождаясь пытками, казнями и разорением домов. Стало страшно упоминать само имя Бориса – за одно это царевы соглядатаи хватали людей и тащили в пыточную. Сам царь спрятался во дворце и почти не появлялся перед народом. Сначала никто не мог понять причину этих погромов. Было ясно, что Борис кого-то ищет, и этот
