И вновь панорама волновала сердца, внушала людям уважение к простым русским солдатам и матросам, заставляла восхищаться их мужеством, самоотверженностью и героизмом.
Началась Великая Отечественная война. Правнуки нахимовских матросов стали на защиту родного Севастополя. И в напряженные боевые дни, и в редкие часы передышки между боями они снова приходили в панораму. В торжественном молчании всматривались в образы своих предков, и в неторопливости, с которой эти простые русские люди, одетые в солдатские шинели и холщовые матросские рубахи, подносили воду для охлаждения пушек, заряжали орудия, перевязывали раны, они чувствовали спокойную, упрямую и несокрушимую силу. Эту уверенность в себе, волю к победе они приносили в свои блиндажи и доты, она помогала им в бою.
Положение в осажденном городе становилось все тяжелее. Участились налеты вражеской авиации, усилился артиллерийский обстрел. Перед партийными и советскими органами Севастополя встал вопрос об эвакуации панорамы.
Как вспоминает бывший секретарь Севастопольского ГК ВКП(б) Б. А. Борисов, специальная комиссия после обследования пришла к выводу, что живописное полотно, провисевшее около 40 лет в помещении без отопления и освещения, без соблюдения режима влажности и других непременных условий для хранения живописи, было уже очень ветхим, пересохшим, имело много осыпей красочного слоя. При снятии и транспортировке морем картина могла погибнуть. Поэтому вопрос об эвакуации оставался открытым, но были приняты меры к противопожарной защите панорамы.
25 июня 1942 года пять самолетов Ю-87, спикировав, сбросили бомбы на панораму. Усилился артиллерийский обстрел, и несколько снарядов попало в здание. Панорама горела…
Немедленно были организованы спасательные работы.
Вот что писала газета «Красный черноморец» 3 июля 1942 года: «Большая часть полотна была сорвана взрывами со стены и лежала на полу… Потолок - горел. Краснофлотцы тт. Волович, Маметов и Каверин, младший сержант Шек, краснофлотец тов. Мещеряков и другие самоотверженно спасали картину. Краснофлотцы сворачивали драгоценную, сухую, как порох, материю в трубку и выносили из пылающего здания… Потолок начал с треском обваливаться. Все покинули здание. Но на стене еще оставалась часть неубранной картины. Тогда мл. сержант тов. Шек бросился в огонь и ценой огромных усилий спас еще одну часть картины».
Спасенные фрагменты панорамы под фашистским обстрелом сносили в ров, а ночью погрузили на последний надводный корабль, прорвавшийся в осажденный город, - лидер эсминцев «Ташкент».
