Шелихов большое значение придавал не только открытию новых земель, но и детальному описанию уже известных, и наставлял морехода Дмитрия Бочарова, «чтобы делал окуратную опись» Кадьяка, полуострова Кенай и земель материка далее на восток, до Чугацкой губы.
По его распоряжению полагалось описать бухты, речки, гавани, мысы, рифы; отметить, где есть плодородные земли, какие произрастают леса и растения, водятся звери и рыбы; посчитать поселения туземцев и указать их местоположение; провести перепись жителей «с прописанием, хотя примерных, кто сколько лет». Любопытно его замечание о наименованиях географических объектов: на карте их следовало писать со слов местных, «а своими названиями не обезображивать, дабы по званиям жителей находить все можно было». Это требование было совсем нелишним — именно из-за желания переименовать и возникала зачастую путаница на картах, составленных мореходами из разных стран. Описание новых земель должно было сопровождаться розыском «руд» и «металлов», редкостей для будущих коллекций — «игровых нарядов» туземцев, масок, костюмов, музыкальных инструментов и «прочих побрекушек».
Шелихов настаивал, чтобы Самойлов использовал время примирения с конягами для разъяснения им всех преимуществ жизни по новым порядкам, дабы они оставили «междоусобные разбои, воровства против россиян, убийственные замыслы и всякое непостоянство». Эти порядки нужно было показать с самой привлекательной стороны, и потому правитель должен постоянно разъезжать по островам, видеть, как его приказчики управляют новыми подданными, узнавать через толмачей «подчиненных лихоимства, пристрастия» и все подобные случаи «всевозможным образом истреблять» — тогда туземцы узнают все прелести новой жизни и почувствуют «вкус добра».
Все эти наставления, наверное, остались бы благими пожеланиями, особенно если вспомнить совсем не мирный характер взаимоотношений на первых порах. Но Шелихов действовал постепенно, начав с детей — тех самых, кого ему оставили в аманаты: открыл училище, где их обучали русскому языку, после чего они становились толмачами, ведь «без совершенных переводчиков никакого установления сделать неможно». Шелихов недоумевал, что такое важное дело до него оставалось в небрежении «всеми промышленниками от непонятия или нерадения». Когда в Америке будет основана первая духовная миссия, духовенство начнет преподавать в училище Закон Божий.
Шелихов будет постоянно напоминать о своем детище в наставлениях правителям — и Самойлову, и сменившим его Деларову и Баранову. «Грамоте, петь и арихметике учить более мальчиков пожалуйте старайтесь, — писал он в 1789 году, — чтоб со временем были из них мореходы и добрые матрозы, также мастерствам разным учить их надобно, особливо плотничеству». Из Охотска он с каждым судном отправлял в училище книги «учебные, горные, морские, классические, исторические, математические, моральные и економические». Когда уже после кончины Шелихова Василий Головнин прибудет в Русскую Америку, он будет потрясен числом и разнообразием книг в доме правителя.
