Собравшись, Георгиевская дума приняла решение о награждении ряда русских и чехословацких офицеров орденами Св. Георгия III и IV степени. В числе награжденных III степенью ордена оказались полковники Гайда и Пепеляев. С морально-этической точки зрения такое решение выглядело весьма неоднозначно, так как эти офицеры, являясь членами Георгиевской думы, осуществляли не что иное, как самонаграждение высшими российскими боевыми орденами. В свою очередь Временное Сибирское правительство отклонило постановление Георгиевской думы и рекомендовало ускорить учреждение орденов «Освобождение Сибири» и «Возрождение России».
По приказу Гришина-Алмазова 28 августа 1918 года в штабе Сибирской армии собрались 36 находившихся в Омске офицеров — георгиевских кавалеров и кавалеров Георгиевского оружия — для решения вопроса о награждениях военнослужащих. Собравшиеся офицеры единогласно высказывались за то, что награждение офицеров и солдат орденами Св. Георгия, Георгиевским оружием, Георгиевскими крестами и медалями уместно лишь в войне с внешним врагом, но неуместно в войне гражданской. Вместе с тем они поддержали возможность награждения особо отличившихся солдат и офицеров «сибирскими» орденами.
Выразить свою позицию по этой проблеме Гришин-Алмазов не успел из-за последовавшей вскоре отставки. 5 сентября 1918 года председатель Совета министров Временного Сибирского правительства П.В. Вологодский подписал указ об увольнении Гришина-Алмазова с занимаемых им постов без назначения на какую-либо другую должность. Поводом к такому решению послужила ссора командующего Сибирской армией с английским консулом на официальном приеме в Челябинске. Представитель союзников неделикатно отзывался о России, и генерал «бросил замечание, что русские менее нуждаются в союзниках, чем союзники в русских, потому что только одна Россия может сейчас выставить свежую армию, которая в зависимости от того, к кому она присоединится, решит судьбу войны». Этим инцидентом воспользовались противники Гришина-Алмазова во Временном Сибирском правительстве.
В своих мемуарах Гинс признавал, что «не знал в Омске военного, который бы годился больше, чем Гришин-Алмазов, для управления военным министерством в демократическом кабинете», но добавлял: «Недостатком его была самоуверенность. Он был убежден в неспособности всех прочих конкурировать с его влиянием в военных кругах. Он игнорировал министров Сибирского правительства, забывая, что может вооружить их против него».
