Управлял финляндскими делами генерал-губернатор, назначаемый императором, но фактически общественным и экономическим развитием страны ведал финляндский сенат, созданный решением первого сейма. Интересы Финляндии в Санкт-Петербурге представлял министр-статс-секретарь: у него было право докладывать монарху (великому князю), минуя российские органы управления, и это играло важную роль в периоды обострения отношений между Великим княжеством и Россией.
В Финляндии были свои денежные знаки и почтовые марки, своя таможня. Сохранялись прежняя судебная система и местное самоуправление. Все же государственно-правовое положение Финляндии по-прежнему основывалось на обещаниях, данных когда-то Александром I, и зависело от решений правящего монарха. На протяжении почти всего периода пребывания Финляндии в составе России – за исключением времени либерального правления Александра II – со стороны метрополии постоянно предпринимались более или менее настойчивые попытки русификации страны. С середины 1890-х годов эти попытки приняли последовательный и регулярный характер. Осенью 1898 года генерал-губернатором был назначен генерал Н. И. Бобриков. Он начал с того, что без согласия финляндского сената, т. е. в нарушение существовавшего в Финляндии закона, подготовил и представил императору проект реорганизации управления страной.
Проект был подписан Николаем II в феврале 1899 года и вошел в историю как «Февральский манифест». Для Финляндии настали черные дни: это было началом уничтожения автономии. В соответствии с проектом предполагалось разработать общее для России и Великого княжества законодательство; распустить финляндские войска, созданные в 1855 году, и обязать уроженцев страны проходить воинскую службу в русской армии; предоставить русским (не уроженцам Финляндии) право занимать административные должности; отменить собственную финляндскую монету и таможню, упразднить финляндские почтовые марки; сделать русский главным административным языком и ввести его обязательное преподавание в школах; установить цензуру.
Начали с языка: в 1900 году русский язык объявили административным, затем ввели обязательное преподавание русского языка в школах. Финские почтовые марки заменили русскими. Затем взялись за армию: имперский Государственный совет принял в 1901 году закон о ликвидации финляндских войск и введении в Финляндии, как и в остальных частях России, всеобщей воинской повинности. Но сопротивление обычно законопослушных жителей Финляндии оказалось на редкость упорным: в 1902 году 60 % призывников просто не явилось на призывные пункты. Опасаясь беспорядков, в 1905 году финляндцев вовсе освободили от прохождения военной службы в российских войсках, заменив ее специальным налогом.
