Не менее интригующей для исследователей является деятельность Наливкина в 1899–1901 гг. на должности старшего помощника особых поручений при туркестанском генерал-губернаторе. Этот период, как правило, выпадает из историографических обзоров. Ни Лунин, ни Лукашова о нем почти ничего не говорят. Я думаю, дело здесь не только в том, что этот период в жизни Наливкина слишком непродолжительный, а скорее в том, что он совершенно не вписывается в тот портрет закоренелого «народника» и почти революционера, которые оба автора рисуют. Последние публикации на эту тему историка Д.Ю. Арапова проливают свет на деятельность Наливкина в эти годы.
В 1898 г. генерал-губернатора А.Б. Вревского сменил новый начальник Туркестанского края – С. М. Духовской. Эта смена совпала с событием, наложившим отпечаток на все недолгие годы правления Духовского, – Андижанским восстанием, которое произошло под знаменем мусульманского джихада. Многие прежние принципы политики в Туркестане были пересмотрены тогда в сторону ужесточения[95]. Одной из главных задач туркестанского генерал-губернатора стало определение отношения власти к исламу. В том же 1898 г. Духовской в «отзыве военному министру» высказался за усиление «надзора» за мусульманскими школами и вакуфными имуществами, для чего предлагал создать «Туркестанское духовное правление» во главе с председателем из русских, «знакомых с шариатом, тюркским и персидским языками»[96]. Генерал-губернатор не называл имен претендентов на эту должность, но с большой, почти стопроцентной, вероятностью можно утверждать, что речь шла о Наливкине, который считался лучшим знатоком местных языков и шариата, а к тому же был хорошо знаком с мусульманской элитой. Более того, похоже, что первый проект нововведений в исламскую политику составлялся при непосредственном участии Наливкина. Так, намерение усилить контроль за мусульманскими школами и вакуфами очень напоминал план реформ, который он составил, будучи 3-м инспектором народных училищ, а тот факт, что Министерство народного просвещения в «отзыве» Духовского не фигурировало, объясняется конфликтом Наливкина с главным инспектором края[97].
В 1899 г., как уже говорилось выше, Наливкин был назначен старшим чиновником особых поручений при Туркестанском генерал-губернаторе[98]. В конце 1899 г. им была подготовлена служебная записка «О возможных соотношениях между последними событиями в Китае и усилением панисламистского движения»
