• Отдел «4-А» (Германия) – М. Ф. Лебедев
• Отдел «5-А» (славяно-балканский) – С. С. Спандарьян
• Отдел «6-А» (романский) – неизв.
• Отдел «7-А» (скандинавский) – А. М. Сахаровский
• Отдел «8-А» (ближневосточный) – М. Г. Нацвлишвили
• Отдел «9-А» (дальневосточный) – П. А. Шибаев
• Отдел «10-А» (эмиграция) – А. С. Гукасов
Управление «1-Б» (нелегальной разведки) – А. М. Коротков
• Отдел «1-Б» (англо-американский) – Е. П. Мицкевич
• Отдел «2-Б» (европейский) – Б. М. Афанасьев
• Отдел «3-Б» (ближневосточный) – с 3.10.46 А. Ф. Сененков
• Отдел «4-Б» (дальневосточный) – А. Ф. Сененков, с 3.10.46 – С. Л. Рудченко;
• Отделение «1-Б» (прикрытие и связь) – неизв.
• Отделение «2-Б» (документация) – неизв.
Отдел «1-В» (информационный) – М. А. Аллахвердов
Отдел «1-Г» (по советской колонии) – С. М. Федосеев
Отдел «1-Д» (оперативный учет, выдача виз) – неизв.
Отдел «1-Е» (научно-технической разведки) – Л. П. Василевский
Отделение «К» (кадров) – неизв.
Отделение «Р» (радиосвязи) – неизв.
Отделение «Ш» (шифровальное) – неизв.
Разведывательная школа (РАШ) – Е. И. Кравцов
Штат центрального аппарата насчитывал около 600 чел.
Была укреплена региональная структура: в дополнение к 1-м отделам территориальных МГБ – УМГБ на местах были созданы представительства Центра, занимавшиеся разведкой на своих географических направлениях. Таких было четыре: в Берлине, Львове, Баку и Владивостоке. Их руководители также имели ранг заместителя начальника Главного управления.
Представительство в Берлине занималось разведкой в Центральной и Западной Европе.
Представительство в Львове отвечало за регион Восточной Европы и Балкан.
Представительство в Баку занималось Турцией, Ираном, Афганистаном и Египтом.
Представительство во Владивостоке занималось Японией, Китаем и Кореей.
Заместители начальника нового Главка Г. Б. Овакимян, А. М. Коротков и П. М. Журавлев и большинство начальников подразделений хорошо знакомы нам по довоенным и военным временам – все они были опытнейшими разведчиками, оставившая яркий след в истории внешней разведки. Заместитель начальника Главка генерал-лейтенант П. П. Тимофеев, пришедший в ЧК еще в 1919 году, в годы войны возглавлявший немецкий отдел 2-го Управления НКГБ – НКВД и отдел зафронтовой разведки ГУКР СМЕРШ, а затем с конца 1943 года работавший помощником самого Абакумова. Генералы Зарелуа и Белкин не имели разведывательного опыта и являлись кадровыми сотрудниками СМЕРШа. Однако следует заметить, что страны, относящиеся к их сфере ответственности, были в большинстве своем разрушены войной и оккупированы советскими, английскими или американскими войсками, их государственность лишь начала восстанавливаться, поэтому специфика работы разведки в них мало отличалась от хорошо освоенной СМЕРШем работы в прифронтовой полосе.
