Проповеди Златоуста принесли ему известность во всей империи, повлияли они и на выбор его епископом столицы. Однако Иоанна из-за глубокой привязанности антиохийцев к своему проповеднику пришлось похищать из города тайно ночью. Только по дороге ему сообщили, что он избран епископом столицы. Златоуст увидел в этом Божий знак и подчинился.
Скоро оказалось, что Златоуст совсем не соответствует тому образу блистательного иерарха столицы, который уже сложился к этому времени. Вот как описывает Златоуста один древний источник: «Иоанн Златоуст был очень маленького роста, с большой головой, изборожденной многочисленными морщинами, борода – маленькая и очень редкая, с проседью. Худой до крайности… со впалыми углами глаз. Он сильно щурился… Его мимика располагала к себе, хотя все черты лица выражали скорбь». Как отзывались практически все знавшие Иоанна лично, общение с ним всегда производило неизгладимое впечатление. Златоуст был человеком незаурядного обаяния. Вместе с тем он был человеком принципиальным и никогда не шел на компромисс со своими убеждениями. Он всегда противостоял греху, никогда не потакая человеческой слабости. Он считал, что мы не можем молчать тогда, как речь идет о нашей верности Христу. От него ожидали компромиссных позиций по всем основным направлениям общественной и государственной жизни города и империи. Менее всего Златоуст был дипломатом. Меньше всего он искал компромисса с властью. Более всего он настаивал на соблюдении норм христианской нравственности, в чем далеко не всегда были заинтересованы государственные, а порой и церковные люди.
Это привело к конфликту. Златоуста обвиняли в вещах самых нелепых, начиная от измены государству и заканчивая «обжорством» и оргиями. Решение было однозначное – ссылка. Это вызвало недовольство среди простого населения Константинополя. Начались массовые беспорядки и даже столкновения между населением и правительственными войсками. Но все напрасно. Три последних года жизни Златоуст провел в ссылке как гонимый преступник, хотя для всех была очевидна политическая подоплека процесса.
Святитель Иоанн скончался в 407 году на пути в Пицунду, конечное место его ссылки. В небольшой часовне, напутственный Святыми Дарами, он произнес свои последние слова: «Слава Богу за все!» Через несколько лет его имя вернули в список столичных архиереев, а останки были всенародно перенесены в Константинополь и положены в кафедральном соборе столицы.
