Гонения на архиепископа Кирилла начались уже через год после занятия им Иерусалимской кафедры. Тогда, в день празднования Сошествия Святого Духа на апостолов, произошло необычайное знамение, документально зафиксированное историками и астрономами того времени. Около трех часов дня в небе над Иерусалимом появилось ослепительное начертание креста. Святой Кирилл написал об этом императору Констанцию, который притеснял православных и всячески поддерживал арииан. Архиепископ Кирилл убеждал повелителя империи: «О, царь! Оставь свои еретические заблуждения и обратись в истинное Православие!»
Это была неслыханная дерзость со стороны Иерусалимского архиепископа.
Еретик митрополит Акакий был в дружеских отношениях с императором-еретиком. Даже когда церковный Собор низложил Акакия и лишил его митрополичьего звания, император Констанций отменил это соборное решение и восстановил Акакия в управлении Кесарийской Церковью. После того как святитель Кирилл отказался подчиняться незаконному митрополиту, Акакий стал искать повод низложить самого Кирилла Иерусалимского. И такой повод вскоре нашелся.
В Иерусалиме разразился страшный голод. Падающие с ног люди шли к своему любимому архипастырю, святому Кириллу. Они взывали: «Спаси нас от голодной смерти, Божий человек Кирилл! Погибаем и мы, и дети наши». Святитель Кирилл раздал все свои скромные сбережения, доставшиеся от родителей, но этого было явно мало. И тогда, исполненный христианского сострадания к умирающим от голода людям, архиепископ купил на церковные деньги пшеницу и разделил ее среди нуждающихся. Однако люди продолжали погибать от истощения. И святой Кирилл, исполненный Божиего дерзновения, пошел на крайний шаг. Он стал менять на хлеб церковные сокровища, не имеющие богослужебного применения. Акакий, узнав об этом, возликовал: «Архиерей Кирилл продает священные предметы. Отныне он низвергнут с архиепископского престола и будет отправлен в ссылку». Святой Кирилл поселился в городе Тарсе, на родине апостола Павла, где жил милостыней.
После этого собрался Поместный церковный Собор, на который счел нужным приехать и святой Кирилл Иерусалимский. Незаконный митрополит Акакий потребовал удалить его с Собора, однако большинство епископов не согласились с этим. Честные архиереи не видели за святым Кириллом никакой вины. Ведь он спас множество людей от голодной смерти! Тогда Акакий поехал в Константинополь к своему другу императору Констанцию и рассказал ему о мнимых преступлениях святого Кирилла. Император пришел в бешенство: «Да этот Кирилл – настоящий злодей! Приказываю бросить его в темницу на вечное заточение!»
