Филофей рассматривал Москву как центр мирового христианства, единственное место, где оно сохранилось в чистом, незамутненном виде. Два прежних его центра — Рим и Константинополь (Второй Рим) пали из-за вероотступничества. Филофей писал: «…все христианские царства пришли к концу и сошлись в едином царстве нашего государя по пророческим книгам, то есть Ромейское царство, поскольку два Рима пали, а третий стоит, а четвертому не быть». Иначе говоря, «Ромейское царство» — неразрушимо, оно просто переместилось на восток и ныне Россия — новая Римская империя. Василия III Филофей именует царем «христиан всей поднебесной». В этой новой чистоте России предстоит возвыситься, когда государи ее «урядят» страну, установив правление справедливое, милосердное, основанное на христианских заповедях. Но более всего Филофей беспокоится не о правах московских правителей на политическое первенство во вселенной христианства, а о сохранении веры в неиспорченном виде, в сбережении последнего средоточия истинного христианства. Его «неразрушимое Ромейское царство» скорее духовная сущность, нежели государство в привычном значении слова. Роль московского государя в этом контексте — в первую очередь роль хранителя веры. Справятся ли они со столь тяжкой задачей?
По словам историка средневековой русской литературы А. М. Ранчина, у Филофея «…Москва является последним Римом, потому что приблизились последние времена, в преддверии которых число приверженцев истинной веры, согласно Откровению святого Иоанна Богослова, уменьшится. Именно поэтому эстафета передачи метаисторического Ромейского царства уже завершена. Но неизвестно, удастся ли и Москве — Третьему Риму исполнить свою миссию, свое оправдание перед Богом». Филофей, таким образом, вовсе не поет торжественных гимнов молодой державе, он полон тревоги: такая ответственность свалилась на Москву!
Идея Москвы как Третьего Рима долго не получала широкого распространения. Слова, сказанные в «Русском хронографе», завоевали признание у русских «книжников» быстро и прочно. А вот рассуждения Филофея не имели равной известности.
Лишь во второй половине XVI века их начинают воспринимать как нечто глубоко родственное московскому государственному строю.
Так, они проникли в величественное сказание о борьбе Москвы с осколками Орды — «Историю о Казанском царстве».
Когда повествователь доходит до победы, одержанной Москвою на Угре, и до запустения Большой Орды, он поет хвалу великому городу, связывая его с иными, древними столицами христианских держав. «И тогда великая наша Русская земля освободилась от ярма… и начала обновляться, как бы от зимы на тихую весну прилагаться. И взошла вновь к древнему своему величию и доброте, и благолепию. Как прежде, при великом князе при Владимире преславном, дал ей премилостивый Христос расти как младенцу и увеличиваться, и расширяться и скоро прийти в возраст совершеннолетия… И воссиял ныне стольный преславный град Москва, второй Киев. Не усрамлюсь… назвать ее и Третий новый великий Рим. Просияв в последние лета яко великое солнце в великой нашей Русской земле, во всех градех… и во всех людех страны сея, красуйся и просвещайся святыми многими церквами… яко… небо светится пестрыми звездами, утвержденный православием незыблемо от злых еретиков, возмущающих Церковь Божию!»
