Первым крупным училищем повышенного типа[36] стала школа иеромонаха Тимофея, учрежденная на Московском печатном дворе в Китай-городе.
Личность иеромонаха Тимофея изучена отечественными историками недостаточно: в его биографии обнаруживается больше загадок и умолчаний, нежели точно установленных фактов. Между тем судьба этого старомосковского просветителя представляет немалую ценность для истории русской культуры — хотя бы потому, что он первым среди всех русских ученых мужей назван в источниках «ректором». Ну а в жизнеописании царя Федора Алексеевича эта персона имеет ключевое значение. Государь и патриарх дали Тимофею высокое звание и способствовали успеху его деятельности.
Впервые имя Тимофея всплывает в связи с секретной миссией чудовского келаря Саввы, отправленной в 1666 году к православным греческим иерархам.
В цели миссии входило окончательно решить вопрос о московском патриаршем престоле, оставленном Никоном за восемь лет до того. Необходимо было также добыть для Москвы опытного греческого учителя (чего сделать не удалось) и решить ряд разведывательных задач. Тимофей, сын иеромонаха Иоанникия, играл в составе русского посольства второстепенную роль. Домой он вместе с Саввой и другими чинами церковного представительства не вернулся.
Тимофей — первые годы иеродьякон, потом иеромонах — оставался на турецкой территории в течение долгих четырнадцати лет. Он поселился у иерусалимского патриарха Досифея, став его доверенным лицом в отношениях с московским правительством. Тимофей побывал в Палестине, синайском монастыре Святой Екатерины и на Афоне, работал некоторое время помощником при толмаче турецкого султана. В 1670-х годах его обучал в Константинополе известный греческий дидаскал Севаст Киминитис, истинная звезда просвещения. Кроме того, Тимофей посещал лекции в школе Манолакиса Касторианоса. Когда к туркам прибывали русские послы, Тимофей тайно связывался с ними и делился собранными сведениями. В 1679 году через посла Василия Даудова он передал совет немедленно начать наступление на Азов и Крым. Тяжкая и полная риска жизнь на чужбине, по словам Тимофея, стала ему невмоготу, и зимой 1680/81 года он возвратился в российские пределы.
Историк Б. Л. Фонкич высказал иную мысль по поводу возвращения иеромонаха Тимофея на родину: «Одной из важнейших задач, которую Досифей надеялся решить с русской помощью, была задача основания в Москве центра русского книгопечатания, где могли бы готовиться к изданию многочисленные антилатинские полемические сочинения… Досифей, однако, понимал, что для организации в Москве такого центра нужна была не только греческая типография, но прежде всего — знавшие греческий язык люди, которые могли бы быть справщиками и печатниками. Между тем, как ему было, несомненно, хорошо известно, в русской столице таких людей почти не было, как не существовало и учебного заведения для их подготовки. Тимофей являлся исключительно подходящей фигурой на роль основателя такого рода школы. Организация Тимофеем сразу же после его появления в Москве греческого училища именно на Печатном дворе подтверждает наше предположение о значении планов иерусалимского патриарха о возвращении чудовского монаха на родину»
