Внутренний порядок в школах обусловливался одними казарменными требованиями, и на учеников распространялось каждое из распоряжений, которые делались смотрителем дома для всех, без различия, проживавших в нем людей. Ежедневно, в начале пятого часа утра, дежурный капрал обходил все квартиры и будил учеников и служителей, которые и отправлялись в школу и на работу; после 11 часов давалось время для обеда, а с часа до 6 часов вечера снова производились занятия в школе и работы по дому; затем в 9 часов дежурный опять обходил все квартиры, требуя, чтобы огни везде были потушены.
На учеников возлагались, как уже было замечено, многие служебные обязанности; кроме того, их поочередно ставили на часы к различным постам в Инженерном доме, не исключая и арестантской. За неисполнительность и проступки ученики подвергались суду и наказаниям наравне с нижними воинскими чинами; сохранившиеся до нас канцелярские дела школ представляют и такие случаи, где школьники, проживавшие на частных квартирах, судились за буйство и разбой на улицах и за укрывательство у себя беглых крепостных людей с их женами и детьми, как равно и такие приговоры военного суда, которыми определялось, например, «прогнав шпицрутенами через полк шесть раз, написать в инженерные ученики до выслуги», или «бить при собрании инженерных учеников розгами». Впрочем, этот последний род наказаний, как видно из дел, нередко применялся к ученикам не только без всякого суда, но по личному усмотрению школьного кондуктора; бывали даже случаи, что малолетние ученики за частые побеги наказывались розгами, плетьми, кошками и заковывались в кандалы.
В 1730 году одному из учеников «за обложное произнесение государева слова (слово и дело)» определено было такое наказание: «гонять шпицрутенами чрез все наличное число учеников (до 180) три раза и затем оставить по-прежнему в школе».
В 1739 году до сведения Фортификационной конторы дошло, что в числе учеников Инженерной школы есть трое женатых; в предписаниях конторы по произведенному об этом следствии говорится, что в прежнее время того никогда не допускалось как дела, запрещенного под страхом уголовного наказания, и указывалось для отвращения подобных случаев на будущее время объявить школьникам с отобранием от них подписки, чтобы «никто из них без указа Конторы отнюдь не женился, под штрафом бытия трех годов в каторжной работе»; с этого же времени при увольнении учеников в отпуск (который продолжался иногда до 4 и даже до 6 месяцев, а с просрочками — и до 1,5 года) к обычным требованиям «явиться из отпуска в срок и за время бытности в отпуску инженерных наук не забывать» прибавлялось еще третье: «в отпуску ни для каких законных причин отнюдь не жениться». Но, как видно из дел, все подобные меры школьной суровости оказывались малодействительными. По крайней мере, уже в 1744 году один из артиллерийских учеников, просрочив в отпуску более месяца, оправдывался своею болезнью и смертью жены; Канцелярия приказала сделать с него соответственный вычет из жалованья и «учинить ему при собрании всех учеников наказание батоги нещадно, дабы, на то взирая, другим того чинить было неповадно».
