Временно Польскую Церковь возглавил Архиепископ Белостокский и Бельский Тимофей (Шретер). В связи с этим Патриарх Афинагор в послании к Патриарху Алексию от 23 февраля 1950 г. писал о том, что считает канонически правильной дарованную Константинопольской Патриархией в 1924 г. автокефалию и просил оставить главой Церкви бывшего Митрополита Варшавского Дионисия (с которым у Константинопольской Патриархии были давние тесные связи). В Москву также поступили протесты от Патриарха Александрийского Христофора, который в письме от 19 мая призывал «согласиться с указаниями из Константинополя, как единственно каноническими и законными», а также от Архиепископа Кипрского Макария
[110].
В ответном послании Московского Предстоятеля от 3 июля 1950 г. прозвучал отказ на просьбу Патриарха Афинагора: «Письмо Вашего Святейшества от 23 февраля с.г. нами получено. Мы усмотрели из него, что недавние события в Польской Православной Церкви Вам полностью неизвестны. Польская Православная Церковь сама отказалась от неполной автокефалии, которая ей дана была в 1924 г. Константинопольской Церковью, признав ее, по акту воссоединения ее с Русской Православной Церковью и дарования ей автокефалии от 22 июня 1948 г., “неканонической и незаконной”. И наша Церковь сочла по праву Церкви-Матери согласно канонам даровать Польской Православной Церкви автокефалию, с предоставлением ей вытекающего из автокефалии права на полную самостоятельность: в выборе Главы Церкви, во всем внутреннем церковном распорядке, в праве освящения миро и т. д. Вследствие этого, наша Церковь не считает канонически правильным и возможным после дарования автокефалии вмешиваться во внутренние дела Польской Православной Церкви и указывать ей кандидата на пост ее Главы»[111].
Вскоре развернулась острая борьба по поводу Албанской православной епархии в США, глава которой, епископ Фан (Ноли) подчинился священноначалию союзной Московскому Патриархату Автокефальной Албанской Православной Церкви. Однако 31 августа 1950 г. Патриарх Афинагор, с ведома американских властей, рукоположил в Стамбуле во епископа Албанской епархии в США священника Марко Липа[112]. Острая борьба по этому вопросу продолжалась несколько лет, и в начале 1950-х небольшая часть паствы в США все-таки отделилась от Албанской Православной Церкви и перешла в юрисдикцию Константинопольского Патриархата, со временем составив Албанскую епархию Константинопольской архиепископии Северной и Южной Америки.
