Российский государственный военный архив в Москве (РГВА), хранит трофейные документы III рейха, вывезенные из Германии в 1945–1946 гг. Очень богат фонд Рейхсминистерства церковных дел (Ф. 1470), при этом его материалы территориально относятся лишь к оккупированным европейским странам и самой Германии, включая Чехословакию. Не менее содержателен фонд Главного управления имперской безопасности (Ф. 500). Он включает специальное дело с приказами шефа полиции безопасности и СД о религиозной политике на оккупированных восточных территориях за июль-ноябрь 1941 г. В нескольких делах хранится скопированная службами РСХА частная и деловая переписка русских священнослужителей различных европейских стран за 1937–1942 гг. (Оп. 3 Д. 450, 453, 454, 456). Отдельные документы о Русской Православной Церкви за границей хранятся также в фондах Рейхсминистерства юстиции (Ф. 1146), Рейхсминистерства занятых восточных территорий (Ф. 1358), Рейхсминистерства просвещения и пропаганды (Ф. 1363) и ряде других.
Религиозную ситуацию в Чехословакии в 1945–1950-е гг. можно изучать по отчетам Совета по делам Русской православной церкви, хранящимся в Российском государственном архиве социально-политической истории (РГАСПИ) — в фонде Центрального Комитета ВКП(б) — КПСС (Ф. 17). В Центральном государственном архиве Санкт-Петербурга (ЦГА СПб) материалы по истории русской церковной эмиграции содержит фонд Ленинградского уполномоченного Совета по делам Русской православной церкви (Ф. 9324).
Из немецких архивов, прежде всего, следует указать Федеральный архив в Берлине (Bundesarchiv Berlin — ВА), где наибольшее значение для избранной темы имеет фонд Рейхсминистерства иностранных дел, в котором хранятся дела, содержащие донесения немецких посольств и уполномоченных МИД о религиозной ситуации в европейских странах. В фонде Главного управления имперской безопасности имеется богатейшая информация о положении Русской Православной Церкви на оккупированной территории Восточной Европы, в том числе в Чехословакии: в трех группах сообщений представителей этого ведомства за 22 июня 1941–21 мая 1943 гг. (R 58).
Фонд Рейхсминистерства церковных дел содержит, прежде всего, материалы о положении приходов Русской Православной Церкви на территории Германии, однако с информативной целью министерство также получало различные сообщения и докладные записки о религиозной ситуации на оккупированной территории СССР и на Балканах. Таким образом, в этом фонде отложились дела, содержащие богатую информацию о Православных Церквах в Протекторате Богемии и Моравии (Чехии) и Словакии (R 5101). Кроме того, в Федеральном архиве отдельные акты, относящиеся к германской церковной политике в этих регионах, содержатся в фондах Имперской канцелярии (R 43/II), Рейхсминистерства юстиции (R 22), Рейхсминистерства финансов (R 2), Внешнеполитической службы национал-социалистической германской рабочей партии (NS 43) и др.
