Сам Владыка Серафим также испытал немало неприятностей в связи с пражскими событиями. Так, например, 7 сентября 1942 г. — на следующий день после публикации в немецкой прессе статей о расстреле епископа Горазда и его контактах с митрополитом Серафимом в документах Рейхсминистерства церковных дел появилась заметка: «Господин государственный секретарь просит о срочном докладе, что побудило архиепископа Серафима участвовать в этом деле».[127] Уже в письме митр. Анастасию от 12 августа Владыка Серафим отмечал: «…деятельность епископа Горазда и части его духовенства, к сожалению, отразилась крайне неблагоприятно на положении Православной Церкви в Германии и немало скомпрометировала и меня, взявшего под свое покровительство епископа Горазда и его епархию».[128]
После штурма собора свв. Кирилла и Мефодия гестапо арестовало по обвинению в помощи парашютистам еще 253 человека, в том числе девять членов руководящих органов Чешской Православной Церкви. Всех их отправили в концлагерь Маутхаузен, с сопроводительными документами, в которых было написано: «Возвращение нежелательно». Декретом рейхспротектора от 27 сентября 1942 г. та часть Православной Церкви Протектората, которую возглавлял епископ Горазд, была запрещена, ее храмы закрыты и превращены в казармы, магазины, склады и т. п., имущество конфисковано в пользу III рейха, все священники и многие миряне отправлены в концлагерь или на принудительные работы в Германию, в ходе следствия гестапо изъяло церковный архив.[129]
В служебном листке Протектората от 2 января 1943 г. было официально объявлено, что Православная Церковь в Чехии и Моравии исключена из списка признанных вероисповеданий.[130] Нацистское руководство запретило какую-либо деятельность Чешской Православной Церкви под угрозой смерти. В течение двух с половиной лет, до конца войны верующие остались без легальных богослужений, все православные были зарегистрированы, как неблагонадежные люди.[131]
Из записи застольных бесед А. Гитлера в ставке верховного командования видно, что события в Праге глубоко поразили его, и, вероятно, фюрер был лично причастен к проведению репрессий против православных священнослужителей. 4 июля 1942 г., говоря об антигосударственных поступках Церкви, Гитлер с возмущением заявил: «Достаточно вспомнить о тесном сотрудничестве церкви с убийцами Гейдриха. Они не только предоставили убежище в одном из храмов в предместье Праги, но и дали им, а также пробравшемуся к ним священнику, возможность хорошенько подготовиться в этом храме за алтарем к защите».
