В первой половине 1920-х гг. в Чехословакии были созданы две церковные юрисдикции, к которым принадлежали православные чехи — Сербской и Константинопольской Церквей. После заключения в 1924 г. правительствами Чехословакии и Югославии договора, решившего вопрос в пользу юрисдикции Сербского Патриархата, почти вся православная паства перешла под омофор епископа Горазда.
В 1929 г. епископ Горазд завершил организацию своей епархии, добившись признания 6 июня чехословацким правительством Православной Церкви в Чехии и Моравии в качестве юридической организации с утверждением ее устава. 22 сентября 1929 г. на очередном собрании Чешской религиозной православной общины, ставшем первым епархиальным собранием, было объявлено о создании Чешской православной епархии и выбраны ее руководящие органы. Согласно переписи 1930 г. в Чехословакии уже насчитывалось 145, 5 тысяч православных. В конце 1920-х гг. в Закарпатье и Словакии была создана Мукачевско-Пряшевская епархия Сербской Церкви. Однако в 1939 г. при разделе этих земель подавляющая часть епархии временно отошла к Венгрии. Возглавлявший епархию епископ Владимир (Раич) был отстранен от управления и 19 июля 1941 г. выслан в Сербию.
До 1941 г. Чешская епархия находилась в юрисдикции Сербского Патриархата, хотя была тесно связана с русскими общинами. В годы II Мировой войны эта епархия, как и общины епископа Сергия, вошли в состав Средне-Европейского митрополичьего округа Русской Православной Церкви за границей. Особенно большая помощь чешским православным верующим была оказана русским духовенством после разгрома в 1942 г. Чешской и Моравской епархии гестапо, в связи с укрывательством в православном соборе Праге борцов сопротивления, смертельно ранивших рейхспротектора Богемии и Моравии Рейнхарда Гейдриха. Декретом рейхспротектора от 26 сентября 1942 г. та часть Православной Церкви Протектората, которую возглавлял епископ Горазд, была запрещена, ее храмы закрыты и разграблены, имущество конфисковано в пользу III рейха, все священники и многие миряне отправлены в концлагерь или на принудительные работы в Германию. Часть чешских православных общин сохранилась в подполье.
В 1944–1945 гг. при русских храмах в Судетах проживало несколько групп православных архиереев и сопровождавших их лиц, эвакуированных с оккупированной территории СССР и из Югославии, в том числе в Карловых Варах — Архиерейский Синод Русской Православной Церкви за границей во главе с митрополитом Анастасием (Грибановским).
