Одновременно встал вопрос о самом пребывании Константинопольской Патриархии на территории Турции. Власти этой страны отказывались признать Патриархом Мелетия, так как он не был турецким гражданином и, соответственно, не подлежал избранию, согласно указу султана Османской империи от 1856 г. При этом сам Патриарх Мелетий IV заявлял, что он не признает подобные указы обязательными, так как они исходили от мусульманских завоевателей[72].
15 сентября 1922 г. митрополит Конийский Прокопий, которому подчинялись все приходы Анатолии, и еще два епископа и два священника отделились от Константинопольского Патриархата и создали свой Синод Турецкой Православной Церкви (в то время в Анатолии жило около 50 тыс. караманлидов — туркоязычных или двуязычных православных греков). Фактическим лидером движения сепаратистов стал туркоязычный священник из г. Кескина в Анатолии «Папа» Евтим (Эфтимиос Каракиссаридис). Он выступал за мирное сосуществование христиан и мусульман и последующее отуречивание православных. Члены нового Синода пользовались активной поддержкой правительства Мустафы Кемаля, в связи с чем Патриарх Мелетий счел неуместным подвергать их прещениям. Он предложил создать находящуюся в подчинении Вселенскому Патриархату автономную Турецкую Церковь, в которой обещал ввести в богослужении турецкий язык, но получил отказ. Весной 1923 г. член раскольнического Синода священник «Папа» Евтим при содействии турецкого правительства захватил храм Панагии Кафатиани в Стамбуле. В начале июня староста этого храма Дамианос Дамианидес организовал группу, которая ворвалась в здание Патриархии и потребовала немедленного отречения Мелетия IV. В ответ на эти действия Патриарх все-таки отлучил зачинщиков акции от Церкви. Указанное движение продержалось до начала 1930-х гг., прекратив существование после массового переселения православного населения из Анатолии[73].
В октябре 1922 г. Патриарх Мелетий в интервью итальянской газете «Ориенто Модерно» отметил, что если Патриархат не сможет свободно функционировать в Турции, его придется перевести на Святую Гору Афон. В том же месяце Священный Синод дважды обсуждал вопрос о перемещении Патриархата за пределы Турции, но решение не было принято[74].
4 января 1923 г. турецкая делегация официально потребовала от членов Лозаннской международной конференции перевести Константинопольскую Патриархию за пределы Турции (на Афон), ввиду ее враждебного отношения к турецкому правительству во время прошедшей войны. В противном случае турки угрожали депортацией всех греков из Стамбула. Председатель подкомиссии по обмену населением между Грецией и Турцией итальянец Г. М. Монтана предположил, что «удаление Патриарха будет не слишком высокой платой за достижение согласия». Однако представители правительств Великобритании, Франции и США воспротивились, усмотрев в этом предложении влияние Ватикана. Французская делегация предложила компромиссное решение — оставить Патриархию в Стамбуле, но лишить ее политической власти, которую она ранее имела. Греческая делегация поддержала предложение французов
