Прожив длинную жизнь, монахиня Митрофания больше никогда не болела, а чтимая верующими Владимирская икона Божией Матери до настоящего времени хранится в Пантелеимоновской церкви. Другой святыней храма был и остается специально написанный для него в 1898 г. в Свято-Пантелеимоновском монастыре на Афоне чудотворный образ святого великомученика Пантелеимона. В 1890–1892 гг. была проведена реконструкция церковного зала.
На подворье постоянно проживало несколько иноков, посланных на константинопольское послушание монастырем: они совершали богослужения, помогали паломникам, вели подворское хозяйство, поддерживали связи с Константинопольской Патриархией и османскими властями.
Богомольцы из России находили на подворье все необходимое для них: ежедневные богослужения на церковнославянском языке, организацию посещений святых мест Константинополя, жилье и пропитание, оформление различного рода документов и помощь в устройстве дальнейшей поездке на Афон или в Иерусалим. За проживание на подворье никакой обязательной платы не взималось, принимались лишь добровольные пожертвования.
С 1876 г. первым настоятелем Пантелеимоновского подворья около 12 лет служил схииеромонах Паисий (в миру Василий Филиппович Балабанов), проживший сложную и бурную жизнь. Он родился в 1832 г. в Каменно-Озерской станице Елецкого уезда Оренбургской губернии, в казачьей семье, с 1850 по 1862 гг. участвовал в военных походах в Средней Азии. С юности Василий был воспитан в духе христианского благочестия и совершал паломничества по русским монастырям, доходя до Киева. Но, как и многие люди простого сословия, пытавшиеся подвизаться в духовной жизни, он попал в руки сектантов — так называемую шалопутскую секту «духовного сожительства», одну из разновидностей хлыстовства, где выдвинулся и даже стал «пророком». Его жене удалось вырвать своего мужа из секты, но, не выдержав горя и душевных переживаний, молодая женщина тяжело заболела и позднее умерла, а Василий, искупая свои грехи пред Господом, решил принять постриг и поехал на Святую Гору (по другим сведениям, жена поправилась после горячей молитвы Василия к Пресвятой Богородице и сама отпустила его на Афон). В 1866 г. он поступил в афонский Свято-Пантелеимоновский монастырь, где вначале проходил послушание на кухне и через три года принял постриг в мантию с именем Васой. В 1876 г. после пострига в схиму с именем Паисий он был назначен настоятелем Константинопольского подворья
