С 15 июля 1858 по 23 августа 1860 гг. настоятелем посольской церкви служил прежний ректор Киевской Духовной Академии архимандрит Петр (в миру Платон Алексеевич Троицкий, 1811–1873), будущий епископ Аккерманский, викарий Кишиневской епархии. Он был смещен, так как слишком явно поддерживал греческую сторону в назревавшем греко-болгарском церковном конфликте. Новым настоятелем Никольского храма был назначен архимандрит Антонин (в миру Андрей Иванович Капустин, 1817–1894), ставший впоследствии известным как начальник Русской Духовной Миссии в Иерусалиме. Еще в 1859 г., в связи с возникшим болгарским национальным движением, митрополит Московский Филарет, ценивший ум и знания о. Антонина, рекомендовал Святейшему Синоду перевести его из Афин в Константинополь на настоятельское место, что и было сделано в короткие сроки[441].
Следует отметить, что десятилетнее настоятельство в Афинах было важным этапом насыщенной биографии о. Антонина. Именно там он начал свою длительную и богатую по результатам ученую и миссионерскую деятельность на христианском Востоке. В Афинах о. Антонин, по представлению Министерства иностранных дел, получил сан архимандрита; само производство совершил 5 апреля 1853 г. председатель Священного Синода Элладской Церкви митрополит Аттики Неофит. В 1859 г. Антонин предпринял первое путешествие на Афон, где много времени посвятил изучению древних рукописей и книг, а также составлению описаний нескольких монастырских книжных хранилищ[442]. Уезжая из Афин в Константинополь, архимандрит Антонин удостаивается «за христианские добродетели, ученость и филеллинские чувства» награждения Командорским Крестом греческого Ордена Спасителя. Собранные им материалы вошли в обширную статью «Христианские древности Греции»[443] и монографию «О древних христианских надписях в Афинах». Афины стали для о. Антонина «бесплатной, долговременной и самой приятной школой изучения христианских древностей»[444].
В апреле 1860 г. архимандрит Антонин, на дипломатические способности которого возлагались большие надежды, получил сообщение о переводе в Константинополь, 18 сентября того же года прибыл в столицу Османской империи. Здесь он быстро установил близкие отношения с Вселенским Патриархом, высшим греческим духовенством и русским дипломатическим корпусом. Новому настоятелю было поручено заниматься болгаро-униатским вопросом и выполнять некоторые поручения Синода в связи со вступлением на Константинопольский престол Патриарха Софрония. Наряду с этим о. Антонин изучал рукописи, памятники археологии и искусства, предпринимал научные экспедиции, и вскоре его имя стало одним из самых известных среди византологов. В 1862 г. он составил каталог 624 рукописей библиотеки иерусалимского Святогробского подворья в Константинополе. В следующем году о. Антонин по поручению Святейшего Синода исследовал на Афоне вопрос о подлинности Синайского кодекса Библии, подтвердив его древность (позднее, в 1868 г. он вел в Константинополе переговоры об окончательной передаче кодекса российскому правительству)
