После русско-турецкой войны 1877–1878 гг. согласно решениям Берлинского конгресса 13 июля 1878 г. территория Болгарского экзархата была разделена между четырьмя государствами: княжеством Болгария, Турцией, Сербией и Румынией. Однако большинство болгар расценивали границы экзархата как линии, отмечающие территорию их будущего государства. Так Болгарская Православная Церковь стала основным средством сохранения единства болгар (без учета их гражданства) и восстановления значительно более обширных границ страны в рамках Сан-Стефановского мирного договора от 3 марта 1878 г., превратив это в национальную идею. Данная ситуация нашла отражение и в так называемой Тырновской конституции страны 1879 г., где граница болгарской церковной области разделялась от государственной. Кафедра экзарха и после политического освобождения Болгарии осталась в Стамбуле (Константинополе).
Балканские войны 1912–1913 гг. привели к значительному сокращению территории экзархата: Охридская, Битольская, Велесская, Дабарская и Скопленская епархии отошли к юрисдикции Сербской Православной Церкви, Солунская (Фессалоникийская) — Элладской Православной Церкви, а приходы в Южной Добрудже — Румынской Православной Церкви. Экзарх Иосиф I (Йовчев) в 1913 г. переехал в Софию, но в Стамбуле было оставлено наместничество, которым до его ликвидации в 1945 г. управляли болгарские архиереи. После кончины в 1915 г. Владыки Иосифа I, новый экзарх избран не был, и Болгарская Православная Церковь 30 лет управлялась местоблюстителями — председателями Священного Синода: в 1915–1916 гг. митрополитом Софийским Парфением, в 1919–1920 гг. митрополитом Доростоло-Червенским Василием, в 1920–1927 гг. митрополитом Пловдивским Максимом, в 1927–1930 гг. митрополитом Врачанским Климентом и в 1930–1944 гг. — митрополитом Видинским Неофитом. В результате поражения Болгарии в I Мировой войне 1914–1918 гг. экзархат сохранил за пределами страны лишь Одринскую епархию в турецкой Восточной Фракии. В 1921–1922 гг. II Церковно-Народный Собор разработал новый устав экзархата, который 24 января 1923 г. был одобрен Народным собранием, но так и остался неутвержденным[394].
Послевоенные условия давали Болгарской Православной Церкви возможность освободиться от неопределенных обязанностей «гаранта национального единства» и «защитницы национально-религиозного пространства», однако этого не произошло. Переговоры с Константинопольской Патриархией о ликвидации схизмы при посредничестве Иерусалимского Патриарха в 1932 и 1936 гг. закончились неудачей. Одной из причин был отказ Болгарской Церкви признать подчинение фактически отошедших от экзархата епархий юрисдикции Вселенского и Сербского Патриархатов, а также официально перенести кафедру экзарха из Стамбула в Софию.
