Княжеские заплечных дел мастера не знали жалости, и все же им не удалось вырвать у Мюнцера существенных сведений о заговоре. Правда, среди мучений им были названы имена сообщников в Альтштедте, Мансфельде, Мюльгаузене, Ашерслебене, Виммельбурге, Вольферде и других городах, но это были либо вымышленные имена, либо люди, бежавшие из этих городов или даже уже погибшие в боях. Во всяком случае названных им людей нет в списках казненных, — вождь держался стойко до конца.
Когда насилие не дало никаких результатов, применили обман. Написали подложное письмо от имени Мюнцера к мюльгаузенцам, датированное 17 мая. В письме они постарались выставить стойкого революционного борца раскаявшимся грешником, человеком, понявшим ложность своих революционных убеждений. В письме он якобы говорит, что смерть его заслужена и должна просветить неразумных. Князьям не следует сопротивляться и надлежит смиренно просить у них пощады.
Чтобы придать большую вероятность тексту письма, в нем делается слабая попытка оправдать действия Мюнцера. Он «хотел искоренить злоупотребления и улучшить состояние народа», — писали они. Но тут же изобличается несостоятельность и ложность избранного ими пути. Письмо заканчивается словами: «Теперь, прощаясь с вами и отрешаясь от всего земного и житейского, я прошу вас отказаться от всякого покушения к восстанию, чтобы не проливали невинной крови».
Этим подложным письмом князья стремились облегчить взятие непокорного Мюльгаузена, против которого обращены были теперь феодальные войска.
Мюльгаузенцев не поддерживали восставшие крестьяне, как и мюльгаузенцы не поддерживали их, оставив на произвол судьбы Мюнцера под Франкечгаузеном.
19 мая 1525 года соединенные княжеские войска сожгли предместья города и начали его осаду. Пять дней хорошо укрепленный и снабженный припасами Мюльгаузен сопротивлялся. Княжеские войска пытались взять город штурмом, но понесли значительный урон. Коварные же обещания князей помиловать горожан, если они выдадут зачинщиков, внесли смуту и раздор в среду осажденных. Пфейфер, хорошо знавший своих сограждан, понял, что им не устоять в длительной борьбе, и, опасаясь измены и предательства, с несколькими сотнями своих приверженцев в ночь на 24 мая бежал из города.
В воскресенье 26 мая «мюльгаузенцы отправили в княжеский лагерь 600 женщин, в разорванных платьях, босых, с развевающимися волосами, и 500 девушек, с полынными венками на головах, — просить помилования городу».
