Мюнцер с головой уходит в дела религии, но одновременно ни на минуту не прекращает забот об укреплении тайного союза своих последователей. Вторая половина 1523-го и начало следующего года проходят сравнительно спокойно. Тихо в Альтштедте, но уже в городе и окрестностях незаметно подымаются массы.
Книгопечатание, изобретенное Иоганном Генсфлейшем Гуттенбергом в первой половине предшествующего века, стало могучей силой. Восстание против католической церкви, поднятое Лютером, конечно не смогло бы так быстро охватить широкие слои населения, если бы по стране не расходились типографские оттиски его сочинений. Это прекрасно понимал Мюнцер и использовал период альтштедтского затишья для сочинения и издания ряда брошюр и книг, в первую очередь теологического характера.
Богослужение на немецком языке, введенное Мюнцером, записано в книге: «Порядок и расписание немецкой службы в Альтштедте, установленные священником Томасом Мюнцером на прошедшую пасху 1523 года. Альтштедт, 1524 год. Напечатано в Эйленбурге Николаем Видемаром».
Продолжая работать в направлении церковной реформы, Мюнцер издает еще два сочинения: «Немецкая евангелическая обедня, совершаемая папскими попами, к великому ущербу веры, по латыни и приведенная в порядок теперь, в это славное время, предназначенное для раскрытия, к каким ужасам всякого безбожия повели продолжавшиеся долгое время злоупотребления в богослужении. Томас Мюнцер, Альтштедт, 1524 год».
Это сочинение является переводом на немецкий язык текста богослужения, но книга снабжена предисловием, в котором автор подвергает критике заблуждения и пороки папской церкви.
Вторая книга — «Немецкое богослужение, предназначенное, по неизменной воле божией, поднять на погибель всех безбожников коварный покров, под которым держали свет мира, вновь являющийся теперь, вместе с этим в назидание возрождающемуся христианству, Альтштедт». Это — перевод на немецкий язык латинских песнопений пяти служб. О своем переводе псалмов Мюнцер говорил, что он делал его «более по смыслу, чем дословно».
Основы религиозных взглядов Мюнцера изложены в этот период в двух агитационных брошюрах: «Протест Томаса Мюнцера из Штольберга в Гарце, священника в Альтштедте, касающийся его учения и начала правильной христианской веры и крещения Альтштедт, 1524 год» и «О ложной вере».
В «Протесте» Мюнцер подает руку демократической, широко распространенной секте анабаптистов (перекрещенцев).
Но, утверждая несостоятельность официального церковного взгляда на крещение, Мюнцер, однако, не требовал, подобно анабаптистам, вторичного крещения для взрослых членов своей общины.
