Делясь тогда впечатлениями с Гинзбург, Ухтомский с удовлетворением отмечал близость проблематики «университетской школы» с идеями ученых Сорбонны и досадовал на И. П. Павлова и Л. А. Орбели, не стеснявшихся отодвигать университетскую физиологию на задний план. «Со своей стороны я, – писал ей Ухтомский, – предпочитал вести себя и наши дела так, как будто мы совсем не замечаем подвохов и интриганства с их стороны».
Не удалось избежать «подвохов и интриганства» и в университете. Нашлись люди, которые из соображений карьеры пытались скомпрометировать доброе имя Ухтомского, вносили разлад в дружный, годами пестуемый им коллектив единомышленников. На кафедре завелись склоки и наушничество. Ухтомский с тяжелым сердцем наблюдал, как недавно еще порядочный человек, раздавленный морально, становился способен на всяческие низости и незаметно для себя превращался на глазах «во что-то неузнаваемое». «Только по инерции самозащиты и стихийного самоизвинения» продолжал такой человек самооправдываться, когда от прежнего в нем уже не оставалось «ничего, кроме имени и оболочки».
Подобные падения удручали Ухтомского сильнее личных обид. Когда руководителям кафедр вменили в обязанность доносить о политической неблагонадежности своих сотрудников, он, разумеется, это категорически отверг. Вступаясь за тех, кого пытались обвинить в «контрреволюции» и прочих грехах, возражал: «Во всех случаях решать должен я, и ответственность несу я. Итак, предоставьте мне вести дело так, как беру на свою ответственность я. Иду по карнизу, над пропастью… Я все время рискую. Не давайте же мне под руку советов. Отвечаю за все я…»
«Жизнь А. Ухтомского протекала среди молодежи, – вспоминала Е. И. Бронштейн-Шур. – У него не было семьи, и своей семьей он считал учеников. Почти о каждом студенте он знал и помнил, откуда он родом, чем интересуется, к чему стремится. И студенты платили ему большим уважением и любовью: они приходили к нему за советом, поверяли свои сомнения, делились планами и надеждами <…> Алексей Алексеевич направлял нашу мысль на поиски настоящего дела, нацеливая нас на полезный и скромный труд и всегда предостерегал от стремления к блестящему, но незаслуженному успеху. Своим энтузиазмом, преданностью науке он заражал и нас, тогда еще совсем юных, стоящих на пороге самостоятельной жизни. На глазах у нас был пример его жизни, и этот пример учил лучше, чем любые красноречивые слова».
